Кит Уокер-младший, студент Университета Меттропии, встречает старого друга своего отца, Гурана, который сообщает ему о своем наследии и пытается убедить его стать следующим Фантомом.

Первый героический акт Кита в роли Фантома заключается в том, чтобы помешать корпорации «Максимум» использовать игру виртуальной реальности для промывания мозгов молодым гражданам для устроения беспорядков.

Максвелл Мэдисон-младший создает первый стабильный «фрактальный биот», автомат, изменяющий форму, которому Максим приказывает выдать себя за Фантома и подставить его. Тем временем Джек Арчер, один из профессоров Кита, обнаруживает его подлинную личность.

Фантом и Гуран взламывают виртуальную реальность проекции Кибервилля, планируемой крепости Ребекки Мэдисон. Незаметно для них, Графт нашел способ точно определить местоположение Пещеры Черепа, отслеживая их виртуальный сигнал. Однако осиротевший подросток-кибер-серфер по прозвищу Спаркс также находит способ проникнуть в систему Максимума, и Графт принимает его за Фантома.

Обученная звездная певица Максима, Вайнглория, использует свои гипнотические зеркала, чтобы «промыть мозги» детям городских советников по предложению Ребекки Мэдисон подделать голосование по Сайбервиллу. Кит и Сэган Круз вынуждены отменить свое свидание.

Королева Ниа, свергнутая наследницей престола Египта, выслеживает Фантома, чтобы отомстить за его объединение Африки, но Гуран поражен ее ядовитыми дротиками в места Фантома.

Гуран дарит Киту другое кольцо Фантома, называемое Доброй Меткой, в то время как Графт заманивает Фантома в ловушку, используя поддельные файлы данных об инциденте с нулевым сектором. Но когда Графт обнаруживает, что Ребекка скрывает реальные файлы Сектора Ноль, он крадет их, пытаясь ослабить железную хватку Ребекки над ним.

Ребекке удается частично оживить Максвелла Мэдисона-старшего в теле биота, но, не в силах вспомнить свою смерть, Максвелл похищает своего сына и намеревается восстановить свои воспоминания.

Шон Первый с помощью австралийского криминального авторитета Горды совершает набег на грузовые корабли «Максимум» для получения химикатов, необходимых для его платформы Дамокл, смертельной орбитальной лазерной пушки, которую он планирует использовать, чтобы заставить Землю признать независимость Орбитальных Колоний.

Фантом объединяется с Графтом и Максвеллом-младшим, чтобы не дать Горде и Шону запустить лазерную пушку на платформе Дамокл нацеленную на Метропию.

Спасаясь от Фантома, Максвелл-младший скрывает файл важных данных, украденный у Шона Первого, но свободный фрактальный биот. Хайзенберг натыкается на него и ищет Фантома.

Спаркс узнает правду о том, что случилось с его родителями, в то время как Гуран и Фантом исследуют новую опасную систему безопасности в Сайбервилле: изменяющую форму разумную структуру под названием «Перчатка».

По-видимому, без причины три мирных жителя становятся связанным, сверхмощным сознанием, и у Полиции нет другого выбора, кроме как попросить Фанитома остановить трио от уничтожения Метропии. Для этого Фанитом должен узнать правду об экспериментальном проекте Триады.

Кит потрясен, обнаружив, что люди маскируются под биороботов в попытке получить работу, но еще больше потрясен открытием скрытого ядерного реактора в Сайбервилле, который пропускает радиацию и вредит замаскированным людям. Фантом должен объединиться с Хайзенберг, чтобы остановить неисправный реактор, прежде чем он расплавится.

Саган натыкается на записи о таинственном седовласом человеке, который дружил с Фантомом во времена отца Кита, и Графт пойдет на все, чтобы найти странного "волшебника" раньше, чем Фантом сможет это сделать.

Пытаясь воссоединиться со своими друзьями в университете, Кит натыкается на заговор Максима, чтобы проверить опасные наноботы, повышающие производительность, на студенческих спортсменах, и узнает, что один из его друзей стал одним из испытуемых Максима.

Графт возглавляет вооруженный рейд по призрачным джунглям, чтобы найти скрытое логово Фантома, и вынужден взять с собой Вэйнглорию.

В пещере черепа получают странное послание из будущего: Фантом 2157 года умоляет Фантома нарушить свое обещание и убить Ребекку Мэдисон на благо всего мира.

Ребекка Мэдисон решает протестировать новый метод передачи мозговых волн на трансплантате, в результате чего Фантом натыкается на некоторые из старых воспоминаний Графта, о его времени в качестве солдата во время ресурсных войнах и его неповиновении Максимуму.

Максвелл Мэдисон-младший оказываются запертым в виртуальной реальности после того, как его неторопливая прогулка через здание «Максимум» выводит Ребекку из себя, и теперь Фантом должен вытащить его, прежде чем он неосознанно уничтожит Метропию со своей несокрушимой, практически контролируемой армией боевых биотов.

Королева Ниа возвращается в Джунгли призрака и приводит с собой опасного стрелка Гуннара, и вместе они захватывают Гурана. Но когда Гуннар находит доказательства присутствия легендарной Пантеры-Тень в джунглях, он заставляет Нию сопровождать его в поисках. Тем временем Ребекка Мэдисон бросает любимого кота Максвелла на улицах Метропии, чтобы вытащить его из виртуальной реальности.

После того, как Ребекке Мэдисон удается уничтожить главную орбитальную платформу Шона Первого, Фантом устраивает скрытую встречу со своими друзьями, чтобы спланировать свой следующий шаг против Максимума, но группа попала в засаду из армии биотов Графта и доктора Джека.

В то время как Орбитальный совет готовится проголосовать за провозглашение независимости от Земли или нет, Фантом отправляется на орбитальные платформы, чтобы расследовать дело о партии клонированных человеческих рук, отправленных Шону Первому. Между тем, и Шон Первый и Максимум вынашивают противоположные планы, чтобы закрепить голосование за независимость в свою пользу.

Спаркс натыкается на формулу токсичных веществ, виновных в заражение нулевого сектора, которая вызывает всплеск воспоминаний у Мистера Каир. С помощью Фантома он узнает больше о своем прошлом и своей связи с Доктором Джаком и крушение поезда в нулевом секторе.

История о прошлом Максвелла-старшего и крахе нулевого сектора, Кит ставит под сомнение действия своего отца. Ребекке, наконец удается возродить Максвелла-старшего, но не так, как она намеревалась.

Группа возвращается в пещеру Черепа в Бенгале, Африка, и Кит решает, что больше не хочет быть Фантомом. Без их ведома Ребекка Мэдисон выпускает свою армию в Метропию, когда Сайбервилль приближается к завершению.

Павлова попала в ловушку в Попав в ловушку в Сайбервилле, семья Мэдисон предлагает Горде партнерство с корпорацией «Максимум», если она поможет им сбежать. Тем временем Кит узнает, что его отец все еще жив, только что проснувшись от шестнадцати лет в криогенном сне, но ему не придется долго жить из-за воздействия токсичных химических веществ в результате крушения нулевого сектора.

Мэдисоны сбегают из Сайбервилля с помощью Горды и сразу же начинают планировать восстановление корпорации «Максимум» и завоевание Метропии. Мистер Каиро предлагает помочь Фантому найти данные, необходимые ему для создания противоядия чтобы спасти жизнь своего отца в банках данных Максимум но должен подвергнуть риску свое собственное существование, чтобы сделать это.

Гуран заставил Фантома позволить преступнику сбежать после того, как вор показал им золотую монету, отмеченную Фантомом, и практически реконструирует историю об одном из приключений 20-го Фантома, чтобы узнать, как монета попала в его распоряжении.

Когда кража Гордой тайника иридия, принадлежащего корпорации «Максимум», вызывает раскол в ее партнерства с Ребеккой

Узнав, что Спаркс ничего не знает о географии, Кит зачисляет его на специальные занятия в университете. Между тем, партнерство между корпораций «Максимум» и Гордой продолжает разрушаться, поскольку Ребекка контрабандным путем ввезла в Метропию за спиной Горды редкие бразильские розы. Пока Фантом пытается выяснить, что делает розы такими ценными для Ребекки, Максвелл-младший и Графт планируют использовать Спаркса, чтобы найти местоположение в Пещере- Черепа.

Когда Ребекка выпускает свою армию на улицы Метропии в попытке захватить город, Максвелл-старший раскрывает всю правду о судьбоносном крушении в нулевом секторе, в результате чего Фантом предпринял последнюю попытку свергнуть корпорацию «Максимум».