El sargento vuelve a las andadas para conquistar Pokopen, para ello empezará desde 0 utilizando la misma estrategia de su primera aparición. Momoka está ideando un plan para que Fuyuki se declare a ella, le pedirá ayuda a Tamama en el que aparecerá con sus dos facetas distintas.

El sargento Keroro, Tamama, Kururu y Fuyuki hará un viaje a los lugares más misteriosos de La Tierra para desvelar los secretos que esconden. Desde el planeta Angol vuelve Angol Mois, la gran reina del terror para cumplir con la profecía de destruir la Tierra, pero por un error terminó cayendo todas las flores de cerezo que había en Japón. ¿Qué hará Mois para solucionar este problema y contentar así a su tío Keroro?

Un misterioso accidente le ha ocurrido a Kogoro mientras estaba en su casa. Keroro intentará descubrir quien fue el culpable de su percance con la imprescindible ayuda de Fuyuki. Dororo reaparece como un auténtico guerrero. Pero ¿de verdad se referirían a él o a otra rana?

Giroro se prepara para la invasión de Pokopén a base de plantas gigantescas que llenan por todo Tokio y Japón. Por suerte gracias a la Ayuda de Natsumi detendrá a Giroro. Fuyuki fue convertido en un niño por la pistola "sólo se vive dos veces" La cual intentará cumplir su mayor deseo... ¡CONQUISTAR EL PAÍS!

Koyuki, vuelve dispuesta a un desafío de tenis en la que se enfrentará con su querida amiga Natsumi para fomentar su amistad , pero la perdedora tendrá que llevar el pelo a lo afro. El sargento quería deshacerse de un nido de golondrinas que había en la casa, pero Natsumi le prohibió destrozar el nido, debido a la apreciación de Natsumi por estas aves. Mientras, algo realmente misterioso estaba ocurriendo por toda la ciudad.

La tropa, excepto Dororo, fue secuestrada de nuevo por el malo de Viper que fue el familiar del anterior Viper al que derrotó Dororo. Viper se vengará por la muerte de su hermano haciéndole pagar a Dororo. Keroro pudo derrotar a Viper gracias a la "cuchara flash" que le hace convertirse en enorme. Debido a las circunstancias del episodio anterior, Keroro volverá a su estado de gigante en tres días. La familia Hinata y la tropa se instalaran en la villa tropical de Momoka.

Llega el calor y la tropa keroro se prepara para un nuevo plan de invasión a base de refrescos en la cual cada uno pone su estilo de bebida. Tamama está preocupado por haber sido derrotado por Paul, desea derrotarlo utilizando una nueva técnica de combate que será ayudado por el sargento

Keroro planea conquistar Pokopén retrocediendo al pasado en la época antigua en Japón, como el "shogun Keroro". Su idea es hacer un castillo gigante por medio de una maqueta. Gracias a un invento de Kururu, el potenciador nanoflux, el castillo consume lo que tiene cerca de él. Ya con la forma que quería Keroro, el castillo toma conciencia propia y se pone en marcha hacia Kioto. El sargento se pone manos a la obra para detener el castillo y así convertirse en el "shogun Keroro". ¿Conseguirá detenerlo?