Капитан Кристофер Пайк отошел отдел, но когда его старпом не возвращается со своей миссии, он не может остаться в стороне. Он рассказывает Споку, почему опасается возвращаться в космическое пространство. Тем не менее Пайк снова берется за дело и ведет «Энтерпрайз» к новым целям.

Пайк узнает от одной из кадетов ее истинные причины участия в их работе и понимает, почему она не видит своего будущего в его команде. Но экипажу нужно торопиться — совсем скоро одна из планет окажется на пути движения кометы, и в их руках сделать так, чтобы смертоносное столкновение не состоялось.

После того, как команда Энтерпрайза посетила колонию и попала в шторм, на борт корабля пробрался вирус, способный заразить весь экипаж. Уне предстоит раскрыть секрет о своем происхождении, который поможет спасти всех. После этого она захочет уйти в отставку, но согласится на это Пайк?

Команда Энтерпрайза пытается доставить фильтр в колонию Федерации, но с ужасом видит, что многих из местных жителей нет в живых. Ла’ан Нуньен-Синг занимается эвакуацией тех, кто выжил, и скоро узнает причину произошедшего. Энтерпрайзу предстоит принять бой, несмотря на многочисленные повреждения.

Два члена экипажа успешно дебютируют в игре энсинов с выходом в открытый космос. Спок и Т’Принг выводят отношения на новый уровень, причем неожиданно для них самих. Однако им потребуется помощь в дальнейших отношениях.

Спасая экипаж другого корабля от нападения, Пайк встречается со своей давней любовью. Ему предстоит помочь Алоре и другим вернуться на свою планету, где Гамал всеми силами пытается спасти своего сына. Останется ли Пайк после того, как Алора раскроет ему страшную тайну?

К команде экипажа присоединяется доктор Аспен, и вместе они собираются разобраться с тем, что сделали космические пираты. События разворачиваются неожиданно, и Спок оказывается под угрозой смерти. Космические пираты имеют все шансы победить, но даст ли им это сделать Пайк?

Во время того, как члены команды Энтерпрайза изучали туманность, корабль и экипаж неожиданно оказались в нерабочем состоянии. После пробуждения герои видят себя частью сказочных сюжетов и понимают, что туманность обладает собственным сознанием. Смогут ли герои выбраться из сказки?

Находясь в пути, команда получает внеочередную важную задачу. В то время как корабль продолжает свой путь по намеченному маршруту, Пайк с небольшой группой отправляется на поиски авианосца. Им предстоит не просто восстановить корабль, но и найти способ противостоять неожиданной опасности.

Встреча с одним из кадетов показывает Пайку его будущее, из-за чего он пытается не допустить аварийной ситуации. Вскоре он понимает, что последует за такими его действиями — это может привести к серьезным поломкам корабля и критическому состоянию Спока. Пойдет ли Пайк на такое, чтобы избежать собственной участи?

Из-за полученного сигнала бедствия от Нуньен-Синг Спок игнорирует приказы начальства и забирает корабль. Команда находит родителей Ла’ан и Орианы, а Нуньен-Синг узнает о планах бывших солдат Звездного Флота и сообщает о них Споку и Нийоте. По возвращению Спока ждёт выговор от адмирала Эйприл.

За то, что Чин-Райли скрывала свою истинную личность, ей предстоит суд, так как это нарушает законы Звездного флота. Пока Пайк находит адвоката, Нуньен-Синг пытается выяснить, откуда у Звездного флота информация об Уне. На суде Чин-Райли рассказывает о том, через что ей пришлось пройти в детстве.

Встретившись с загадочным незнакомцем на борту корабля, Ла’ан получает устройство, с помощью которого можно путешествовать во времени. Вместе с лейтенантом Кирком она оказывается в Торонто в 2020-х годах, где им предстоит помешать нападению, которое может изменить ход истории.

Капитан Батель расстраивается из-за разговора с Пайком об их отношениях и ее карьере. Корабль отправляется на планету, вокруг которой есть то, что стирает память людей. Герои узнают, что Зак стал беспощадным правителем и рискуют забыть о том, кто они.

Во время того, как Спок готовится к помолвке с Т’Принг, они вместе с Чапел натыкаются на портал, пройдя который Спок полностью становится человеком. Благодаря Чапел ему удается вернуться в привычное состояние, но в отношениях с Т’Принг ему придется сделать перерыв.

Когда корабль приступает к заданию по ремонту завода, у Нийоты Ухура начинаются галлюцинации. Работа завода была саботирована лейтенантом Солом Рамоном, и оказалось, что его преследуют те же галлюцинации, что и Нийоту. Кирк и Сэм помогают ей понять, в чем причина, и Пайк решает пересмотреть судьбу завода.

Энсин Брэд Боймлер из XXIV века оказывается на борту «Энтерпрайза», переместившись с помощью древнего портала на 120 лет назад. Боймлер рад встрече со своими кумирами, но, чтобы не допустить изменения во временной шкале, ему нужно как можно скорее вернуться обратно.

На корабле оказывается клингонский офицер Дак’Ра, что напрягает Ортегас, М’Бенгу и Чапел. Офицер делает предложение М’Бенге, но тот отказывается, зная, что Дак’Ра стоял за жестокими убийствами мирных жителей. Их беседа перерастает в конфликт, в результате которого на борту «Энтерпрайза» происходит убийство.

Из-за эксперимента весь экипаж «Энтерпрайза» начинает выражать свои истинные чувства с помощью песен. Так выясняется, что для Чапел ее премия важнее отношений со Споком, а Ла’ан признается в чувствах к Кирку. Чтобы спасти корабль, Ухура предлагает всей команде объединиться в песне.

Капитан Батель и ее корабль оказываются в засаде у Горна. Команда «Энтерпрайза» прибывает, чтобы спасти ее, а также, чтобы уничтожить устройство Горна, из-за которого не работают средства связи. Несмотря на приказ адмирала Эйприла, Пайк высаживается вместе с частью команды. Ему удается спасти Батель, однако Нуньен-Синг, Ортегас, Сэм и М’бенга оказываются в плену.