Крокодил Гена работает в зоопарке крокодилом, по книге имеет напарника крокодила Валеру, который заменяет Гену в период отпуска. Каждый день вечером он возвращается домой в свою одинокую квартиру. Наконец ему надоедает играть самому с собой в шахматы, и Гена решает завести себе друзей. На объявления, расклеенные по городу, откликаются звери и люди. Первой приходит девочка Галя с бездомным щенком Тобиком, а вслед за ней неведомый науке зверь Чебурашка, найденный в коробке из-под апельсинов. Гена и его новые друзья решают построить «Домик друзей». Однако вредная старуха по кличке Шапокляк, известная всему городу своими хулиганскими выходками и не настроенная дружелюбно, желает зло подшутить над дружной компанией. Однако потом она раскаивается и всем заявляет об этом в письменной форме. А пока «Домик друзей» строился, то все передружились, потому он был отдан детскому садику, в котором Чебурашка стал работать игрушкой.

У крокодила Гены день рождения. Его поздравляет Чебурашка и дарит ему подарок — игрушечный вертолётик, который они запускают, в результате чего Чебурашка, уцепившийся за вертолётик, пролетает большое расстояние. Дальше друзья видят пионеров. Они просят, чтобы те приняли их в свои ряды, но получают отказ, так как Гена и Чебурашка не умеют ни строить скворечники, ни разводить костры, ни маршировать. Друзья пытаются построить скворечник, но у них ничего не получается. Затем они удачно строят детскую площадку и даже безвозмездно помогают пионерам собирать металлолом. В знак благодарности за постройку площадки и п

Крокодил Гена и Чебурашка отправляются на морской отдых на поезде № 8 «Москва — Ялта», но Шапокляк крадёт их билеты и бумажник. Поэтому друзей высаживают на первой же станции в 200 км от Москвы. Крокодил Гена и Чебурашка проходят лишь 1 км (до указателя «до Москвы 199 км»), попутно оставляя вещи, которые подбирает едущая на дрезине Шапокляк. Дальше друзья совместно с Шапокляк борются с туристами-браконьерами и местной фабрикой за чистоту лесов и речек Подмосковья.

Крокодил Гена выясняет, что Чебурашка не умеет читать и хочет устроить его в школу. Им неожиданно помогает старуха Шапокляк, которая устраивает срочное завершение ремонта школы к первому сентября. Крокодил Гена становится преподавателем по живой природе.