Japón está en ruinas tras el Gran Desastre. Kiruko acepta un encargo: llevar a un chaval llamado Maru al Edén. Mientras tanto, unos niños viven su vida en una institución rodeada por muros y llena de vegetación. Uno de ellos, Tokio, lee un misterioso mensaje que le hace dudar del mundo que lo rodea.

Cuando llegan a una curiosa pensión, Maru y Kiruko acaban quedándose dormidos, pero un monstruo los despierta en plena noche, bajo la luz de la luna. En la institución, las sospechas de Tokio sobre el mundo que lo rodea van en aumento. Mientras tanto, Shiro recibe un mensaje inesperado.

Hace cinco años, en Asakusa, Robin, Haruki y su hermana Kiriko, una piloto de carreras, convivían felices bajo el mismo techo. Durante una carrera de e-karts llena de público, una criatura horripilante perturba la continuidad del evento y Haruki debe afrontar una situación abrumadora.

Tokio encuentra a unos bebés con un aspecto inquietante y se da cuenta de lo poco que sabe sobre sus alrededores. Maru y Kiruko se ven atrapados en un barco mientras sufren un terrible ataque. Cuanto todo parece perdido, Kiruko idea una nueva estrategia.

Maru y Kiruko regresan a Tokio y se topan con un asentamiento lleno de tiendas de campaña. Mientras Maru juega en unas recreativas, Kiruko se entera de un terrible rumor mientras busca información. En la institución, el estado de Tarao se agrava y el doctor Sawatari encuentra una huella.

Maru y Kiruko buscan a la Congregación Inmortal. Por el camino ven un hotel que regenta una chica llamada Totori y deciden alojarse en él. Mientras buscan agua potable sin sus mochilas encima, se topan con un hombre herido de gravedad. Mientras tanto, una persona inesperada se presenta ante Tokio.

Maru y Kiruko creen haber encontrado al doctor y a la Congregación Inmortal, pero, en realidad, se trata de una organización hostil que se opone firmemente al tratamiento que ofrece la Congregación Inmortal. Kiruko y Maru aceptan una misión, pero Kiruko empieza a impacientarse.

Después de matar a los devoragente, Maru y Kiruko conocen por fin al doctor Usami. Este les pide que se encarguen de una tarea difícil y los lleva a una sala en la que les aguarda una escena espeluznante.

Maru y Kiruko descubren que el doctor Usami tenía un botón con el mismo dibujo que el logotipo de la pistola de los Rayos Kiru. Deciden seguir su rastro y se topan con un misterioso informante. Mientras tanto, en la institución se organiza una reunión de emergencia.

Maru y Kiruko deciden dirigirse al centro de Ibaraki de la Escuela Takahara. Como les pilla de camino, aceptan ayudar a Juichi a confirmar si su bebé sigue con vida. Cuando llegan al asentamiento amurallado, se encuentran ante una situación inesperada.

Maru y Kiruko se dirigen al centro de Ibaraki en el coche de Juichi. Mientras tanto, un nuevo grupo de niños de cinco años llega a la institución. Mimihime ve que Ohma, de ese grupo, está triste e intenta hacerse su amiga. Pero Ohma tiene un motivo especial por el que no se acerca a los demás niños.

Maru y Kiruko llegan a un próspero mercado. Es la aldea donde opera el supuesto Ministerio de Reconstrucción. Entretanto, la institución sufre un ataque. Mientras buscan refugio, los niños encuentran un agujero en el muro.

Mimihime, Shiro, Anzu y Taka salen por un agujero del muro mientras buscan la respuesta al examen que le han puesto. Mientras tanto, Kiruko llora por la atrocidad que ha cometido Robin.