El joven Lupin pasa sus días aburrido hasta que su compañero de clase Jigen, que apunta con su pistola a delincuentes, despierta su interés. Pero a pesar del interés de Lupin, Jigen le considera un niño rico y no quiere saber nada de él.

Lupin quiere apostar con Jigen, pero este le dice que no tiene tiempo para jueguecitos de niños. Más tarde, Jigen recibe el encargo de proteger cierto tesoro que viaja en tren y Lupin decide echarle una mano sin encomendarse a nadie.

De repente, ante Lupin aparecen unos hombres vestidos de negro, que le llevan a la mansión de Arsène Lupin. Una vez allí, le obligan a competir en el juego de la herencia con otro joven que ha sido entrenado por Lupin I en el arte de robar.

Unos días después de visitar la mansión de Arsène Lupin, Shinobu ha empezado a vigilar de cerca a Lupin. Incapaz de escapar de su vigilancia, Lupin se le ocurre una idea e invita a Jigen a construir una base secreta en el terreno de la escuela.

Se acerca la Navidad, Lupin compra un regalo para Yoko y se entera de que ella ha dejado el club nocturno. Mientras, alguien roba cierta arma de una base militar estadounidense en Okinawa y el ladrón resulta ser el padre de Lupin, Lupin II.

Unos días antes del lanzamiento de la bomba atómica, el revolucionario Gaucho recibe una carta firmada por Lupin III. Tras decidir el camino que debe tomar, Lupin se enfrenta a Gaucho junto a su compañero Jigen para rescatar a Yoko.