Kobato es un chico que empieza en bachillerato con una máxima aspiración: ser una persona corriente. Pero parece que su brillante intelecto no se lo permite.

Kobato recibe un mensaje de un amigo que lo invita a su casa a comer pasteles y a beber cacao caliente. Tras aprender cómo hacerlo, le plantea un problema intelectual a Kobato.

Osanai está muy deprimida por el asunto de la bicicleta robada y está afectando a su vida escolar. Y entonces, al acabar los exámenes, ven a Sakagami con la bicicleta una vez más.

Tras mucho deducir e indagar, entre Osanai, Kobato y Kengo dan con la verdadera intención de Sakagami, y es realmente peligrosa.

Kobato va a la sala del club de periodismo para devolver unas encuestas y se encuentra a su amigo Kengo en medio de un problema terrible en relación a unas berlinesas.

Osanai involucra a Kobato en sus planes para las vacaciones de verano. Sin embargo, el pastel que se supone que debe comprarle resulta irresistible, incluso para Kobato.

Kosanai le cuenta a Kobato un asunto terrible relacionado con una chica que conoce y el mundo de las drogas. Mientras tanto, Kobato y Osanai siguen con su aventura veraniega probando todos los dulces posibles.

El secuestro de Kobato es una sorpresa muy desagradable, pero Kobato se niega a darse por rendido pese a que el caso le viene grande. Aun así le pedirá ayuda a su inestimable Kengo para tratar de localizar a Osanai y avisar a la policía.

Tras rescatar a Osanai, Kobato y ella quedan un día para tomar algo y surge la gran pregunta: ¿En realidad sabías que te iban a secuestrar?

Tras una larga conversación, Osanai y Kobato llegan a la conclusión de que su acuerdo ha llegado a su fin, y con él su amistad. A partir de ese momento, cada uno seguirá su camino.

Tras empezar a relacionarse con Osanai, Itsukaichi investiga unos posibles incendios en serie en la ciudad.

La precisión con la que Urino predice los próximos incendios no tiene muy contenta a la escuela.

Habrá un cambio de aires en el periódico escolar. Kobato muestra interés por los incendios en serie.

Urino está decidido a atrapar al pirómano e involucra a los nuevos miembros del club.

Se avecina un nuevo incendio intencionado, pero la persecución del pirómano se ve interrumpida.

Kobato llega el primero a la escena del último incendio y descubre algo inesperado.

Kobato le explica a Osanai cómo llegó a la conclusión sobre la identidad del pirómano.

Kobato recuerda su encuentro con Osanai cuando estaban en secundaria.

Kobato despierta en el hospital y ve una caja de chocolates con un mensaje de Osanai.

Kobato y Osanai consiguen que Fujidera revele parte de la información que ocultaba Hisaka.

Kobato por fin logra ver a Osanai en el hospital, revelando una verdad siniestra y aterradora.

¿Lograrán Kobato y Osanai huir de Eiko a tiempo o cumplirá esta su objetivo?