El trágico pasado de Shadow, plagado de conflictos y pérdidas, le atormenta y asalta sus pensamientos. Las pesadillas le persiguen aun despierto. ¿Le estará llamando una fuerza maligna a través de sus recuerdos?

La búsqueda incansable de respuestas de Shadow le lleva a enfrentarse a sus aliados y al Dr. Eggman. ¿Merece la pena el precio a pagar para obtener respuestas? ¿A qué precio conseguirá contar con el apoyo que necesita?

En busca de respuestas, Shadow lleva a Rouge y Omega al corazón de una instalación militar de la G.U.N. La organización militar que tanto daño le hizo en el pasado es ahora lo único que se interpone entre él y su objetivo: ¡la colonia espacial ARK!