J.D. se dirige a su primer día de trabajo como médico interino en el bullicioso Hospital del Sagrado Corazón. Sin embargo, tras todo el proceso de aprendizaje y entrenamiento que ha tenido que realizar ahora se da cuenta que realmente no tiene ni idea de cómo afrontar las situaciones reales que tendrá que afrontar en el hospital. Su mejor amigo y compañero de trabajo, Chris Turk, es todo lo contrario a él, y en el hospital se muestra muy seguro de si mismo y confiado en su relación profesional con el resto del equipo médico.

J.D. comienza a ganar confianza como médico tras dos semanas en el hospital. Sin embargo, un joven nuevo paciente que, por culpa de su adicción al tabaco podría tener cáncer, le hace dudar. A JD le frustra mucho la actitud del paciente mientras intentan hacerle comprender la seriedad de su situación.

J.D. tiene sólo 48 horas para tratar de besar a Elliot antes de entrar en la denominada zona de amigos. Turk, por su parte, comienza a estar mucho más tiempo con sus colegas cirujanos y con su nueva novia, Carla, que con su amigo J.D.

A JD, Elliot y Turk les asignan pacientes con distintas enfermedades. Los tres amigos, como médicos que son, saben perfectamente que, estadísticamente, uno de cada tres pacientes que ingresan en el hospital muere. Su experiencia con cada uno de sus pacientes les lleva a los tres a ver la vida desde una nueva perspectiva.

Sin darse cuenta, JD revela al Dr. Kelso que el Dr. Cox está tratando de poner en práctica un procedimiento médico sin su autorización. El Dr. Cox se entera y se pone hecho una fiera porque únicamente estaba tratando de ayudar a un paciente cuyo seguro médico no cubre el coste de las pruebas que necesita. Dr. Kelso invita a JD a jugar al golf junto al Dr. Cox. Durante el recorrido cada uno de ellos le comenta a JD su particular opinión del mundo hospitalario.

JD le asignan la atención médica de Jordan Sullivan, un joven y atractiva mujer que, además de tener muy mal carácter resulta que es un miembro importante del consejo de dirección de hospital. JD cree que lográndose su amistad ella podría hacer que le levantarán la suspensión del doctor Cox.

JD es el médico residente para los ojos del Dr. Kelso hasta que un estudiante de medicina llamado Nick hace su aparición por el hospital. JD comienza a sentirse inferior en comparación a Nick, que siempre tiene una actitud positiva, conoce todas las respuestas a las preguntas de carácter médico que hace el doctor Kelso, se lleva de maravilla con las enfermeras y trata con impecable amabilidad a los pacientes.

Durante un descanso para comer algo, JD y Turk se pasan por un club que está siendo saboteado por un grupo de manifestantes. Un cámara de televisión que está cubriendo la noticia sufre un desmayo, por lo que JD y Turk se ven obligados a intervenir. Su actuación sale en televisión y todo el mundo, incluidos sus compañeros de hospital, les ve.

En la misma semana en que se celebra el Día de Acción de Gracias (Thanksgiving) JD es ingresado en su propio hospital con apendicitis. Elliot es el médico al que han asignado examinar el caso de JD, mientras que Turk será el responsable de operar. JD está preocupado por quedar en manos de Turk, al que ve no como un cirujano responsable sino como al alocado e inmaduro compañero que fue en su instituto.

Tras algunos meses trabajando juntos en el hospital, JD y sus compañeros Turk, Carla y Elliot comienzan a afianzar su relación más allá del trabajo. JD y Carla incluso tratan de ser algo más que amigos. Pero la cosa no va a ser fácil.

Las vacaciones de Navidad están provocando en el hospital del Sagrado Corazón sentimientos diversos. JD se siente un poco decaído por tener que pasar las fiestas trabajando en el hospital. Aprovechando la situación, el Doctor Cox le pide que le grabe en vídeo el nacimiento del hijo de uno de sus amigos.

La jornada en el hospital de JD se presenta especialmente agitada. Todos los médicos van como locos de un lado a otro atendiendo pacientes. El doctor Cox está incluso más gruñón que de costumbre porque está tratando de lograr un récord: que no se muere ningún paciente durante las 12 horas que dura su turno de trabajo.

JD está esperando a una de sus citas a ciegas en el hospital. La cita en cuestión no es otra que Alex, a la que JD no conoce físicamente y, por lo tanto, no sabe que es muy atractiva. Los dos se marchan a cenar a un restaurante y se quedan prendidos el uno del otro. La cosa sale tan bien que deciden volver a verse al día siguiente.

Las relaciones entre pacientes, médicos y enfermeras están desembocando en algunas combinaciones extrañas. JD acaba teniendo un enfrentamiento con Alex, una de las empleadas sociales encargada de uno de sus pacientes drogadictos, el señor Barnes.

JD y Elliot deciden darle a su relación una dirección diferente, por lo que deciden pasar un día entero juntos en la cama.Tras el susto inicial, ambos se dan cuenta de que realmente son compatibles el uno con el otro. Sin embargo, un poco más tarde, Elliot parece no querer anunciar a sus amistades su nueva relación, por lo que JD se cabrea.

Desde que el rápido romance entre JD y Elliot finalizó de forma abrupta, ninguno de los dos puede ver al otro, ni siquiera coincidir en una misma habitación. Su amistad ha cambiado para siempre. Para que la cosa se enrede todavía más, Turk comienza a preparar un estudio médico con Elliot, por lo que esta se pasa todo el tiempo en el apartamento que comparte con JD.

Tras finalizar su primer año como médicos residentes, JD, Elliot y Turk suben un peldaño en el escalafón médico. Ahora son ellos los que esperan ansioso la llegada de nuevos estudiantes de medicina para que les hagan las peores tareas.

A JD le ha llegado la hora de hacer frente a su mayor reto profesional cuando le asignan el tratamiento de un enfermo de cáncer de colon, el señor Simon. El problema es que el paciente es un poco cascarrabias y está constantemente amenazando a los médicos. JD trata de evitarle en todo momento y, al mismo tiempo, suministrarle los medicamentos que necesita. Todo parece ir bien hasta que el señor Simon fallece. JD tiene entonces que comparecer ante un departamento del hospital para explicar qué tratamiento ha empleado con el fallecido.

Elliot y Turk está preocupados porque sus respectivos padres tienen previsto asistir a la conferencia que ambos darán en el hospital sobre enfermedades vasculares. JD les muestra toda su solidaridad y simpatía hasta que su propio padre aparece de sorpresa.

Elliot tienen que atender a un paciente, llamado Sean, del que nada más conocerle se siente atraída. Los dos tienes algunas cosas en común: están solteros, son un poco neuróticos y, además, padecen de estreñimiento. Elliot no hace más que enviarle señales dando a entender que se siente atraída por Sean, pero este parece no enterarse.

A JD le pinchan de forma accidental con una aguja que ha sido usada para hacerle la prueba de hepatitis B a un paciente. JD reacciona muy tranquilo a pesar de que es consciente que podría haber contraído una enfermedad muy peligrosa. Durante el tiempo de espera para ver el resultado de la prueba cuatro médicos veteranos aterrorizan con sus peores diagnósticos al pobre JD.

El ex-cuñado y amigo del doctor Cox, Ben Sullivan, tiene que pasarse por el hospital para que le curen una mano. Al final es JD quien tiene que atender al amigo de su colega Cox. Pero mientras están jugando una partida de billar en un bar cercano al hospital, JD y el resto de médicos se dan cuentan de que la mano de Ben parece temblar, lo que pone de manifiesto la posibilidad de que padezca alguna enfermedad grave.

Ben asume muy bien la noticia del diagnóstico de su leucemia. Sin embargo, es su hermana Jordan, la ex mujer del doctor Cox, quien parece tener más problemas en asumir la noticia. JD tampoco parece encajar muy bien el asunto.

Estamos en el mes de junio y los médicos residentes están a sólo un día de finalizar su periodo de prácticas. Todos están ansiosos pero hay algo más en el ambiente. Carla y Turk discuten sobre quedar a salir con más gente. Elliot por fin se rebela contra todos aquellos que la tratan de forma desconsiderada y JD, por su parte, trata de no cruzarse en el camino de nadie.

Después de que Jordan revelase que durmió con J.D., este espera lo peor del Dr.Cox. Elliot, avergonzada por la revelación de Jordan de que tiene sentimientos por J.D., esquiva a este último a toda costa. Carla está enfadada con Turk porque no le dijo que el Dr. Cox estaba enamorado de ella, y el Dr. Cox está enfadado con Dr. Kelso por haber sido engañado por una promoción inexistente y con J.D. por haber dormido con Jordan.

Los residentes pasan una noche de guardia sin médicos disponibles y lidian con la responsabilidad de llevar el hospital por ellos mismos y teniendo que tomar una dura decisión acerca de un paciente. Mientras tanto, Cox lucha con sus sentimientos por Jordan.

Dr. Kelso empieza una competición con los residentes, ofreciendo la oportunidad de acompañarle con todos los gastos pagados a una conferencia en Reno, Nevada al que le lleve el caso más interesante de estudio. J.D. quiere competir, pero teme caerle mal al Dr. Cox si lo hace. Todo el hospital se aprovecha del buen humor anual del Dr. Kelso el día después de que «renueve su relación marital» con su esposa Enid. Elliot se preocupa de que no se lleve muy bien con Carla.

La relación de J.D. y Carla se deteriora cuando J.D. revela accidentalmente alguno de los secretos de Carla. Los cirujanos residentes compiten por un viaje a Mexico con el Dr. Kelso. Elliot se precupa de no estar dando una imagen competente al Dr. Cox así que decide tomar varios casos extraños para mejorarla.

A J.D. se le sube a la cabeza el hecho de vestir una camisa de doctor, pero también tiene que aceptar las crecientes responsabilidades que vienen con ella. La reputación de Elliot sufre cuando pasa una noche con otro doctor del Sacred Heart.

El hermano mayor de J.D., Dan — Tom Cavanagh —, viene de visita, pero J.D. no puede ocultar que se siente avergonzado por la vida que lleva. Turk aprende una lección cuando hace una apuesta con el Dr. Cox si un paciente muere o vive. Mientras tanto, el personal del Sacred Heart se disfraza para Halloween, y una persona en particular irrumpe con un disfraz de gorila, para el disgusto del Dr. Kelso.

Julie Keaton — Heather Locklear —, la atractiva representante farmacéutica de quien parece estar todo el mundo enamorado en secreto, llega al Sacred Heart, y las tensiones entre ella y el Dr. Cox comienzan. J.D. y Elliot apuestan entre ellos a ver quién es el mejor doctor. Carla considera los inconvenientes de ser «solo una enfermera».

El Dr. Cox y Julie — Heather Locklear — empiezan a gustarse, pero la felicidad del Dr. Cox se interrumpe cuando Jordan llega embarazada. J.D. y Turk pasan por una situación financiera pobre, y continúan robando comida y papel higiénico del hospital. El padre de Elliot deja de pasarle dinero al rechazar el ser una ginecóloga como él desearía.

Elliot se ve forzada a mudarse y tiene que enfrentarse a una denuncia por «mala praxis».

Los problemas crecen entre Turk y Carla y el Dr. Cox y Jordan. J.D. piensa cuánto de su vida está robándole el hospital; el estrés y las experiencias generales con las que trata están robando su «líbido» justo cuando empieza a salir con Lisa la chica de la tienda de regalos — Sarah Lancaster. Elliot se ve forzada a vivir en la parte de atrás de un camión cuando su padre deja de pagarle el piso por no tener tiempo para buscar otro sitio.

Al no querer repetir su última y desastrosa relación, J.D. y Elliot deciden quedar como «compañeros sexuales,» pero J.D. no está satisfecho con el arreglo. Turk intenta ayudar a Elliot con su carga de trabajo, pero sus esfuerzos fracasan. Carla aprende una lección acerca de por qué los hospitales no pueden dar una respuesta definitiva a los pacientes.

Los sentimientos de J.D. por Elliot continúan creciendo incluso después de romper sus encuentros sexuales por sexo; intenta ver a Lisa — Sarah Lancaster — de nuevo. Dr. Cox y Carla fallan al diagnosticar a un hipocondríaco — Richard Kind — después de no tomar en serio sus quejas. Dr. Kelso enseña una lección a Turk acerca de las pequeñas mentiras que le dicen a los pacientes.

Elliot pide vestuarios para chicas y chicos separados al Dr. Kelso, que considera ampliar su despacho. Turk aparece con «La pregunta» a Carla, pero no de la forma en la que imaginó. Uno de los pacientes favoritos de J.D. está de vuelta en el hospital por una mala condición del corazón.

El hermano de Turk, Kevin — D.L. Hughley — le visita con importantes noticias; los sentimientos de Turk de diferencia y deuda con su hermano aparecen. Dr. Townshend — Dick Van Dyke —, un antiguo doctor amado por todo el mundo, tiene problemas con su mejor amigo el Dr. Kelso cuando J.D. falla con un procedimiento ya no usado bajo su supervisión.

Este episodio está narrado desde el punto de vista del Dr. Cox, más que desde el de J.D. Dr. Cox habla del hospital y Jordan en sus sesiones con su psiquiatra, el Dr. Gross — Eric Bogosian. Elliot está ansiosa por conocer a Paul Flowers — Rick Schroeder —, un atractivo y atrayente doctor, hasta que se entera de que de hecho es un enfermero. Carla dice sí a la proposición de Turk.

J.D. y Turk intentan cubrir el hecho de que estaban golpeando bolas de golf desde el techo y que puedan haber causado el accidente que hizo que llegaran pacientes al hospital, pero Janitor lo sabe... Jordan da a luz finalmente, y revela a J.D. quien es el padre de su bebé, y le pide que lo mantenga en secreto.

J.D. empieza a admirar al Dr. Peter Fisher — Jay Mohr —, pero se extraña al averiguar que Peter es de hecho la razón de que Jordan y el Dr. Cox se hayan divorciado. El Janitor empieza a flirtear con Elliot, y Carla empieza a preocuparse acerca de su apariencia.

Dr. Cox cambia los sobrenombres de J.D. de mujeres a perros después de que un interesante rumor acerca de J.D. se extienda. Dr. Cox compite con el bebé de Jack por la atención de Jordan; los problemas en la relación entre Elliot y Paul y Turk y Carla aparecen. Cuando J.D. acepta una cita de Jamie Moyer — Amy Smart —, la muy atractiva mujer de un paciente en coma, sus amigos se burlan de él. El título es una abrevación de Tasty Coma Wife, el moniker J.D. y Turk le dan a Jamie.

Cuando J.D. hace una cirugía temporal electiva, sus amistad con Turk se resiente mientras intenta ganar popularidad. The Janitor obtiene una nueva y poderosa sierra. El Dr. Cox le juega una broma al Dr. Kelso mientras está lejos, y se le sale de control. Un despiste de Elliot cambia drásticamente su relación con Paul.

J.D. espera el funeral del marido de Jamie — Amy Smart —, con resultados predecibles. Turk tiene un sueño erótico acerca de Elliot y está molesto y avergonzado por él. Dr. Cox experimenta aún más sentimientos mezclados acerca de criar un niño que aún cree que no es de él.

La relación de J.D. con Jamie — Amy Smart — toma un interesante giro; Elliot la identifica correctamente como una reina del drama. La madre de Carla muere. Dr. Cox se ha quedado atascado con Ted en la enseñanza de un seminario de la sensibilidad después del testimonio del Dr. Kelso. Dr. Cox es particularmente vicioso hacia un paciente.

El final del segundo año los residentes encuentran sus trabajos demasiado monótonos; por suerte, Spencer — Ryan Reynolds —, un antiguo compañero de universidad de J.D. y de Turk, llega de visita y anima a los chicos, tal vez demasiado. Dr. Cox aprende la verdad acerca del bebé Jack y le confía a J.D. el hecho de que piensa que no es un buen padre. J.D. anima a Cox a que imagine ser un buen padre, y mientras que los intentos del Dr. Kelso para romper el ánimo de Elliot, se une el Dr. Cox.

J.D., Turk y Carla trabajan juntos para diagnosticar un paciente de J.D. Elliot, frustrada porque todo el mundo camina sobre ella y necesitando desesperadamente cambiar su mala suerte, actúa según le dice Janitor y tiene suerte.

Turk y Carla fijan la fecha para su boda. J.D. está preocupado de perder su amistad con Turk y le pide una cita de hombres. Elliot vuelve con su ex novio Sean, pero su relación tiene un complicado comienzo. Carla se obsesiona acerca de qué orina está en un bote no marcado que dejaron en la zona de las enfermeras.

Jordan y el Dr. Cox se preocupan por el resfriado de Jack e intentan que sea atendido por el pediatra del hospital, el Dr. Dave Norris — Christopher Meloni —, que es tan ansioso como el Dr. Cox. Los residentes empiezan con sus propios interinos y los inevitables problemas que vienen con ellos: Turk es demasiado torpe, J.D. falla cuando intenta imponer su autoridad, y Elliot continua tratando con sus propias inseguridades. J.D. acepta la ayuda de Sean.

J.D. distrae a El Conserje y a Troy, el hombre de la cafetería con una adivinanza. El Dr. Cox y el Dr. Jeffrey Steadman — Matt Winston — compiten por el puesto de director residente. Carla se pone a trabajar con Turk cuando cubre a una de las enfermeras quirúrgicas; Turk al principio se enfada, pero luego la aprecia cuando el Dr. Wen — Charles Chun — dice que es como si tuviera un amuleto de la suerte con él. La relación de Sean y Elliot toca fondo; J.D. ve la oportunidad para confesar sus sentimientos hacia ella.

El hermano de J.D. — Tom Cavanagh — llega de visita de nuevo y culpa al Dr. Cox de volver a J.D. un cínico. Después de advertir al equipo del hospital que no tomaran otros trabajos, el Dr. Kelso pilla a Elliot y Carla trabajando en un hospital de animales.

El hermano de Carla, Marco — Freddy Rodriguez — llega de visita y se esfuerza para incordiar a Turk. El Dr. Cox y el Dr. Kelso difieren en sus opiniones acerca del cuidado de los pacientes, y el Dr. Cox se sorprende al ver que J.D. toma en serio el consejo del Dr. Kelso. J.D. se interesa en Danni — Tara Reid —, una chica que parece dulce, aunque un poco loca — tiene un monólogo interior muy activo, y dice en alto pensamientos aleatorios —. Pero su encanto se pierde cuando descubre que es la hermana de Jordan.

J.D. y Danni se agradan, haciendo que el Dr. Cox le cuente a Danni que J.D. se había acostado con Jordan. Mientras tanto, el Dr. Cox y J.D. tratan a una paciente extremadamente molesta, Jill Tracy — Nicole Sullivan —, y casi se les pasa algo importantísimo porque pasan poco tiempo con los otros pacientes — una media de 15 segundos —, según J.D. el Dr. Kelso se vuelve temporalmente sordo después de usar un estetoscopio barato, y los consejos médicos de Carla a Elliot provocan que surja tensión entre ellas.

Cuando el Dr. Cox se lesiona la espalda pavoneándose ante Turk, se da cuenta de que no es tan joven como solía ser. J.D. no está impresionado con las falsas personalidades que El Conserje utiliza con el resto del personal, hasta que lo encuentra haciendo el papel de un policía de tránsito de The Fugitive — en la que aparece el mismo Neil Flynn — y llega a la conclusión de que El Conserje es actor.

Elliot admite que tiene un problema con los términos médicos por los que se conoce a los genitales, después de hacer que un paciente tenga accidentalmente un orgasmo en una exploración pélvica. Carla intenta que Elliot deje de tenerle miedo a las «palabras sucias», pero se da cuenta de que puede ser demasiado firme por su propio bien. El Dr. Cox se mueve entre la relación con un paciente con cáncer de próstata, Mr. Randolhp — Barry Bostwick —, y su mujer. J.D. le da un consejo al Dr. Cox acerca de la relación con Jordan y su hijo, y como no tiene éxito, el Dr. Cox decide vengarse.

Elliot y Carla son detenidas cuando están buscando un gigoló para una paciente terminal que quiere perder su virginidad antes de morir. Danni se siente incómoda después de encontrarse con Jordan y el Dr. Cox practicando sexo, y le pide a J.D. si puede quedarse en su casa. J.D. empieza a leer entre líneas inmediatamente después de haber aceptado. El Dr. Cox y Turk se pelean por un amigo del Dr. Cox que necesita un trasplante.

Nervioso por los planes de Danni de mudarse con él, J.D. decide que necesita romper con ella — solo que él nunca ha roto con nadie antes. El Conserje comienza a coquetear con Elliot de nuevo. El Dr. Cox se da cuenta de que ya no asusta a sus residentes, y que ha podido perder el control sobre ellos.

El Dr. Kevin Casey — Michael J. Fox —, un hábil cirujano que tiene una larga historia con el Dr. Cox y que sufre de un desorden obsesivo compulsivo, imparte sabiduría a todo el mundo en el Sacred Heart.

Dr. Kevin Casey — Michael J. Fox —, y J.D. descubren el baño que El Conserje ha instalado en el techo, que se gana el nombre de «baño epifanía» después de que todos los miembros del hospital se encuentren una solución a sus problemas o una revelación después de usarlo. El Dr. Kelso cierra un ala entera del hospital para ahorrar dinero; el Dr. Cox y Carla contraatacan utilizando su propia oficina como habitación para los pacientes. Turk le pide a J.D. que sea su mejor hombre, pero a J.D. le duele el no haber sido la primera elección de Turk. Habiéndose enterado de lo que ha significado el Dr. Casey para el personal, Elliot busca su consejo para una intubación después de que fastidie el procedimiento.

Conocidos de Jordan, Danni y Ben — Brendan Fraser — vienen de visita para el primer cumpleaños de Jack. Carla le dice a Turk que solo adoptará su primer apellido si se quita el lunar. El Dr. Cox se asombra al saber que Ben no ha visitado a un doctor para un seguimiento desde su alta. Dr. Cox se enfada con J.D. por la muerte de un paciente y le disculpa de sus deberes.

El Dr. Cox está luchando para recuperarse de la muerte de Ben, y rechaza los esfuerzos de J.D. para animarle; mientras tanto, los amigos absorbentes de Jordan, Maddie — Embeth Davidtz — y Allison — Julie Warner — se quedan con Jordan para animarla. Carla riñe a Todd, al Dr. Kelso y al Dr. Cox acerca del acoso sexual, y la nueva mujer cirujana, Dr. Grace Miller — Bellamy Young —, trae consigo el problema del sexismo en la zona de los cirujanos.

Este episodio explora algunos eventos interrelacionados, que ilustra las relaciones del equipo del Sacred Heart. El título viene dado por una mariposa que interactúa con diferentes objetos y personas, en referencia al concepto filosófico del efecto mariposa.

Carla tiene una cena con un antiguo enamorado y le pide a J.D. que no se lo diga a Turk. Elliot trata con un paciente, Mr. Thompson — Alexander Chaplin —, que está decidido a no tomar drogas; sorprendentemente, el Dr. Cox insiste en que es un adicto a las drogas que intentará pedir drogas. El Conserje intenta engañar a J.D. y Turk diciéndoles que tiene un hermano gemelo.

El episodio está narrado por Turk, más que por el punto de vista de J.D. Turk se retrasa al enviar las invitaciones de boda, justo en el punto de no retorno para casarse. Durante una operación quirúrgica, Turk se equivoca lo que causa daño irreparable a un nervio de un joven pianista, al que no puede decir que se ha equivocado. J.D. cubre la temporada de Elliot de payasa en el hospital; the Janitor se vuelve su compañero. Elliot se da cuenta de lo buen amigo que ha sido J.D. para ella y duerme con él, justo antes de que Sean vuelva a la ciudad.

En un intento de volver a Elliot celosa y enfadada, J.D. vuelve con Danni, que es ahora diferente a como fue ahora que ya no es como J.D. pensaba que debía ser. El Dr. Cox se da cuenta de que está enamorado de la Dr. Miller, y Jordan se da cuenta inmediatamente. Turk y Carla animan a El Conserje de aceptar su ascenso a guardia de seguridad, pero se da cuenta de que no le gusta vivir bajo las normas del Dr. Kelso. Después de que Sean se enfrente a J.D. y le pregunte si algo pasó entre él y Elliot, J.D. tiene que elegir entre decirle la verdad, o guardar el secreto.

J.D. y Danni rompen, ya que ninguno parece interesarse por el otro; Sean y Elliot planean mudarse juntos. Carla está nerviosa con los últimos detalles de la boda, ahora justo unas semana antes. El Dr. Cox apuesta al Dr. Kelso que ningún paciente sano firmará por un escáner CAT de cuerpo entero. J.D. finalmente admite sus sentimientos por Elliot, causando que rompa con Sean, solo para darse cuenta de que sus sentimientos estaban basados en que deseaba lo que no tenía.

Marco llega para la boda y ofrece a Turk algún consejo para escribir sus votos, como Carla desea. Después de consultar a Danni y a su nueva pareja por consejo J.D. se resigna a una relación con Elliot, incluso si este no la ama. Jordan insiste en que ella y el Dr. Cox ya no pelean; frustrado y con la necesidad de pelearse con alguien, intenta enfadar a El Conserje, para su pesar. En el ensayo de la boda, impulsado por los votos improvisados de Turk, J.D. admite finalmente que no quiere a Elliot.

En el día en que Turk y Carla celebran su boda, Turk se retrasa en una operación; llega tan tarde a la boda que la ceremonia es cancelada, pero la recepción se mantiene a pesar de todo. Danni se emborracha y aparece. Sintiéndose culpable por haberle roto el corazón a Elliot, J.D. intenta que Sean vuelva con ella, pero no lo consigue. Antes de marcharse para su luna de miel, Turk y Carla vuelven al hospital para pasar consulta a un paciente, que parece ser un sacerdote, y le piden que los casen.

Turk y Carla empiean a tener problemas cuando Carla intenta cambiar a su nuevo marido. Molly Clock — Heather Graham —, la nueva psiquiatra del hospital, se hace amiga de Elliot porque cree que Turk, J.D. y Carla están acallándola. También, cuando el coche de Turk y J.D. se rompe, Carla le deja coger un nuevo coche solo para comprobar que en lugar de un coche, compró tres scooters para ellos, probando al final a Carla que necesita tenerla bajo control.

J.D y Elliot son nombrados jefes residentes del hospital por el Dr. Cox, sin embargo, debido a sus recientes relaciones problemáticas, no terminan de trabajar bien juntos. Mientras tanto, el Dr. Cox y Turk tienen mucha dificultad para remover un pequeño bulto de un paciente, aunque la asistencia de El Conserje ayuda.

J.D. está enfadado con El Conserje por haber extendido el rumor de que es co jefe residente y Elliot la jefa residente. El Dr. Cox y Jordan tienen problema en su relación cuando se enteran de que su divorcio no estaba acabado, lo que podrían significar buenas noticias, pronto comienza a crear un conflicto entre ellos. La otra mujer enfadada en la vida del Dr. Cox, Dra. Molly Clock, se enfrenta a él por un paciente de cirugía plástica que está molesto que esté más guapa desde su cirugía plástica. A J.D. se le ocurre un nuevo juego — Gravelling a otras personas poniéndole piedras en sus zapatos.

Cuando J.D. pide al Dr. Cox que les dé una charla a los residentes, este lleva las cosas demasiado lejos diciéndoles que inevitablemente matarán a un paciente o dos, lo que provoca que J.D. se pregunte cuando ha dejado morir a alguien por su incompetencia llegando a la conclusión de que todavía no le ha pasado, aunque el Dr. Cox piensa que le pasará tarde o temprano. En otro lugar, Elliot lucha por un paciente ex adicto a las drogas para que reciba una válvula del corazón, y se frustra cuando Molly se enfrenta a ella. Carla decide hablar con Rowdy y lo pierde. Esto le lleva a reemplazar el perro de adorno por una réplica llamada Steven, que es dos pulgadas menor.

Contado desde la perspectiva de Ellliot: empieza a dudar de que Molly sea la mentora perfecta cuando encuentra a su novio es un convicto. Aún así, el Dr. Cox le ayuda a decidir que la vida personal debe de separarse de la vida profesional. También Turk está constantemente despertando a Carla cuando se va a la cama; y J.D. se da cuenta de que el Dr. Cox ha podido arruinar su credibilidad con los nuevos residentes.

El hermano de J.D. — Tom Cavanagh — llega de visita con la noticia de que su padre ha muerto. El Dr. Cox tiene dificultades ayudando a J.D. a salir de su depresión. Mientras tanto, Turk tiene síntomas de diabetes pero en su testarudez se niega a admitirlo o a visitar un doctor, como desea Carla. Molly tiene que emplear utilizar psicología avanzada para forzarlo a enfrentar el problema.

J.D. se ve forzado a tratar con un romance entre Elliot y su hermano Dan, que está aún quedándose con ellos después de la muerte de su padre. Por otro lado, el Dr. Cox y Dr. Kelso se cansan de la idea de Molly de que todo el mundo es bueno de corazón y intentan probarle que está equivocada.

Molly y J.D. están a punto de dormir juntos, pero tiene primero que obtener el permiso de Elliot, que no puede evitar jugar con J.D. Mientras tanto, el Dr. Cox tiene que completar horas para la comunidad trabajando en una ambulancia con Denise Lemmon — Molly Shannon —, una paramédica muy molesta.

J.D. y el Dr. Cox tiene que tratar con un abogado especializado en negligencias Neena Broderick — Julianna Margulies — mientras espera a su padre. Turk intenta evitar al hipocondríaco Harvey Corman — Richard Kind — mientras Elliot dirige a su nuevo colega Doug hacia un nuevo destino.

J.D. lo tiene difícil al acabar su relación con Neena ahora que representa a Mr. Corman — que ha decidido denunciar a Turk, alegando que la operación que le practicó arruinó su capacidad de sacar en el tenis — y pide a Jordan que le ayude. Elliot pretende ser un doctor hombre para evitar los problema con un paciente sexista que parece ser uno de los miembros directivos del hospital.

J.D. se hace amigo del hijo de un cantante que no quiere donarle un riñón a su padre. Carla y Jordan, a pesar de las advertencias de Turk, enseña a Elliot a utilizar su sexualidad en su beneficio, lo que causa una catástrofe.

Cuando J.D. tiene que dirigirse a un grupo de estudiantes de pre med para hablarles de lo que supone ser un doctor, prefiero desviarse del camino y hablar sobre sus mejores momentos. Cuando reta al resto del equipo a hacer lo mismo, todos empiezan a recordar sus momentos más bonitos dentro de la medicina. Mientras tanto, Elliot se ve forzada a hacer frente a su miedo a los niños cuando es dejada a cargo de un niño de diez años cuyo padre está siendo tratado en la UCI. Mientras tanto, el Dr. Kelso obtiene una dosis de espíritu navideño y sus compañeros se sorprenden gratamante con su cambio de corazón.

Cuando Elliot empieza a ser una mejor doctora, J.D. lucha por alcanzarla. Turk intenta hacer dinero de su diabetes hasta que descubre que debe amputarle un pie a su paciente debido a la diabetes y empieza a tomarlo más seriamente. Por otro lado, El Conserje se siente rechazado por su secreto de enamoramiento con Elliot cuando se va rápidamente de su cita de café. Asumiendo que su bonito traje la asusta, se inventa la historia de que estaba vestido para impresionar a su banda a Capella lo que lleva a Elliot a pedirle una actuación improvisada.

Un hombre envuelto en una pelea en un bar enseña a Turk y J.D. acerca de vivir la vida a tope. Elliot y Carla encuentran que su amistad empieza a romperse cuando no pueden quedar para sus planes sociales. También, el Dr. Cox se hace una vasectomía a espaldas de Jordan.

J.D. empieza a sentirse atraído por la camarera Kylie — Christy Pharris —, entonces se encuentra con su nuevo novio tiene un STD. Sin embargo, no puede decírselo por la confidencialidad paciente/doctor. Mientras tanto, el Dr. Cox espera ansiosamente el partido de los Lakers contra los Heat, pero tendrá que grabarlo para verlo después del turno. Su paciente es puesto a prueba, cuando el Conserje lo amenaza con desvelarle el resultado final.

Durante una cita con Kylie, J.D. tiene que ir al hospital, y mientras allí casualmente llama la atención sobre el hecho de que los síntomas de un paciente se asemejan al SRAS, lo que significa que el equipo entero de la UCI — incluyendo la hermana de Jordan, Danni, de visita sorpresa — está atrapada en cuarentena la noche entera. J.D. paga a un sin techo para que finja un ataque al corazón para que pueda parecer un héroe delante de Kylie.

Cuando el Dr. Cox se enfada con el Dr. Kelso por despedir a un miembro del equipo debido a recortes de presupuestos, el Dr. Kelso le reta a equilibrar el presupuesto sin despedir a nadie. Mientras tanto, un escritor de comedias de situación es ingresado, y J.D. empieza a fantasear acerca de cómo sería el hospital si fuera una serie de televisión, completa con una audiencia en directo. También, Turk y Carla tienen dificultad al intentar mantener el romance en su relación de pareja.

J.D. está teniendo problemas con Kylie. Turk y Carla piden a J.D. que se mude para tener más espacio. Sin embargo, su ausencia hace que se den cuenta de que están teniendo en problemas en su relación. Mientras tanto, el Dr. Cox cree que el amigo de su hijo tiene autismo.

Molly vuelve al Sacred Heart, y J.D. deja a su novia Kylie para salir con ella. Carla intenta no hacer una «montaña de un grano de arena» cuando se da cuenta de que Turk sigue en contacto con su ex novia. El Conserje apuesta su camioneta contra el porsche del Dr. Cox a que puede conseguir una cita con Elliot.

Cuando Carla y Turk experimentan dificultades en su matrimonio, J.D. y Elliot intentan arreglarlas. Mientras tanto, el Dr. Cox reta al Dr. Kelso a tomar ejemplo y encargarse de algunos pacientes por él mismo después de que Kelso critique sus maneras en las visitas a las camas — pero no se da cuenta de que la relación Doctor - paciente ha cambiado.

J.D. y Carla se emborrachan mientras J.D. está intentando reconciliar a Turk con ella, cuando accidentalmente se besan. Los dos quedan en mantenerlo en secreto. En el hospital, Elliot y el Dr. Kelso luchan por mantener su profesionalidad cuando se enfrentan a un joven paciente que sufre de complicaciones después de experimentar con unas pastillas para la disfunción eréctil. Mientras tanto, el Dr. Cox intenta encontrar un equilibrio entre ser un padre sobreprotector, mientras aún intenta ser un padre divertido, después de que su hijo se caiga de los columpios.

Turk se entera del beso entre J.D. y Carla, y sin saber a quien culpar decide no hablarle a ninguno de los dos, hasta que se entera de quien lo inició. El Dr. Cox necesita la ayuda de Elliot para atender a un adolescente epiléptico. Jordan se inyecta Botox y se le queda la cara temporalmente congelada, lo que causa un problema cuando se ve amenazada su asistencia al premio del Dr. Cox.

J.D. se ve forzado a enfrentarse a la naturaleza humana cuando una mujer que se está muriendo ingresa en el hospital gracias a su vecino, Jake — Josh Randall —. Jake ayuda al paciente a darse cuenta de que llegó su hora. Desafortunadamente, su hermano decide demandarlo por eso. Elliot acude al Dr. Cox y Carla para que les dé consejos románticos hacia Jake. Turk tiene dificultades en la terapia de parejas.

Cuando Turk salva la vida de un hombre en el puesto de tacos local, intenta mantener su ego a raya mientras el Dr. Cox se lleva todo el crédito. Para evitar arruinar su relación con Jake, Elliot tiene la ayuda de J.D. para prevenir de que sus citas sean demasiado íntimas. Mientras tanto, el Dr. Kelso aterroriza al hospital desde el asiento motorizado de su silla de ruedas hasta que El Conserje toma el asunto en sus propias manos.

J.D. prepara el inicio de su propia vida, y su amistad perdida con Turk. Elliot se esfuerza en seguir una nueva carrera en otro hospital en la ciudad, y esto enfada a Carla que pensaba que Elliot se quedaría, a pesar de la proximidad del nuevo trabajo. El Dr. Cox intenta prevenir a Jordan de aceptar el trabajo en el nuevo hospital.

Ahora un médico de cabecera, J.D. tiene que tratar con sus propios interinos bajo la supervisión del Dr. Cox whether he's still willing to bend the rules despite more responsibility. Turk duda si dejar emabarazada a Carla. Mientras tanto, Elliot empieza sus amistades en County Hospital e intenta no parecer loca.

A pesar de intentar lo contrario, J.D. se encuentra tratando a sus internos no muy bien después de descubrir que se ríen de sus chistes por miedo. El equipo del hospital intenta evitar que Jordan se vaya, y las amistades de Elliot terminan abruptamente.

Intentando completar una lista de objetivos en su 30º cumpleaños, J.D. se apunta a un triathlon. Mientras tanto, Turk se encarga de un paciente que desea ser hipnotizado en lugar de ponerle anestesia durante la cirugía, y Elliot se encuentra con que ella y Jake — Josh Randall — saben poco del otro. J.D. y Elliot se mudan juntos.

J.D. lucha por encontrar algo positivo de lo que hablar cuando está asignado a hablar en una cena para permiar al Dr. Kelso,, especialmente después de que Kelso eliga a un paciente para un tratamiento de droga después de prometérselo a otrol. Carla y Turk intentan ayudar a Elliot, que trabaja en una clínica gratuita, volver al Sacred Heart. Todo el mundo salvo J.D. parece conocer un juego llamado Jiggly Ball.

La hermana cristiana nacida de nuevo del Dr. Cox, Paige Cox — Cheryl Hines —, visita el hospital y quiere que participe en el bautismo de su hijo: el Dr. Cox no quiere participar, ni saber nada de ella ni del asunto. Elliot intenta convencer a Turk de por qué Carla encuentra el hacer un bebé romántico. El Conserje y J.D. empieza una amistad, la que es saboteada por uno de los elaborados planes del Conserje.

J.D. tiene que lidiar con las consecuencias cuando confunde la reacción de un paciente a su muerte próxima como un deseo de finalizar el tratamiento. Carla intenta desesperadamente reunir al equipo del hospital para una foto grupal, mientras Turk y Elliot intentan descubrir la causa del dolor misterioso e inexplicable de un paciente.

A J.D. le llaman para que trabaje en su día libre, pero la única cosa que quiere hacer es estar en casa. Mientras tanto, Elliot intenta convencer a todo el mundo de que es un experta en endocrinología siguiendo su breve amistad, Carla tiene dudas acerca de ser madre, y Turk tiene que luchar con un problema que o ayudará en su carrera o romperá su consciencia.

J.D., Elliot, Turk y Carla son todos interrogados después de la muerte de u npaciente, donde se conoce que J.D. y turk estuvieron visitando innecesariamente la casa del mismo, Carla estaba persiguiendo al equipo para que compraran lotería en grupo, y Elliot estaba tratando con la mujer de un hombre casado a que besó.

J.D. tiene una cita a ciegas con la nieta de un paciente e intenta obtener el permiso de Elliot para no asustarla. Mientras tanto, Turk se une a la banda del hospital, pero cuando se pone en la piel del Dr. Kelso tiene que aprender a tragarse su orgullo. El Dr. Cox se preocupa acerca de ser un padre no satisfactorio.

Narrado desde el punto de vista de Carla; J.D. deja que la pequeñas cosas le enfaden con Julie, pero solo justo cuando los supera, el gran problema se revela. Mientras tanto, Carla se hace un test de fertilidad cuando una nueva enfermera la hace sentirse mayor.

J.D. y Elliot, preocupados por su paciente favorita, Mrs. Wilk, que va a pasar por un arriesgado procedimiento — y J.D. aún teniendo problemas para olvidar a Julie — deciden tener una llamada, pero su propuesta falla cuando Elliot elige al némesis de J.D., Keith. Carla anima a Turk para pelear por un gimnasio de mujeres en el hospital, y el Dr. Cox y el Conserje empiezan una amistad, mientras asisten a beber a un bar.

J.D. intenta deshacerse de Keith mientras que da la cara por su interno favorito «Repollo», todo el equipo le dice adiós a Mrs. Wilk, después de haberse recuperado. El Conserje tiene una urraca en el hospital, la cual le encanta robar cosas y utiliza para fastidiar a J.D., para el descontento del Dr. Kelso.

Cuando la señora Wilk, la paciente favorita del hospital, vuelve a caer enferma, después de haber sido infectada por el ex-interno favorito de J.D., <<Repollo>>, es diagnosticada que morirá muy pronto. Ante este eventual hecho, el Dr. Cox y J.D. parecen entrar en las cinco fases del luto, según el psiquiatra del hospital. Mientras tanto, Elliot se da cuenta de que su sexo casual con Keith se ha convertido en algo más, y el Conserje y Ted se alían para darle al Dr. Kelso de su propia medicina.

El Dr. Cox es nombrado el mejor doctor del área en una publicación y trata con un paciente desagradable amigo del Dr. Kelso. Después de luchar para concebir, Carla, que ya había pasado un test de fertilidad, se pregunta acerca de la fertilidad de Turk. Elliot se enterea de que a J.D. no le gusta Keith.

J.D. anima a sus colegas a ir más allá con sus pacientes. Esto causa un dilema ya que J.D. está entre ser firme a sus principios y perder una novia atractiva que solo se interesa en él por su pelo. Turk y Carla tienen problemas para tener un bebé, y el doctor lo atribuye a la presión de ambos. Turk se preocupa por tener una posición permanente cuando averigua que es el cuarto cirujano más habilidoso.

J.D. y Turk averiguan que Carla está embarazada antes de que ella lo sepa y J.D. convence a Turk para que se lo diga a todo el personal del hospital y así sorprender a Carla. Carla, sin embargo, revela que al oir la noticia sobre el embarazo, su mayor alegría será decírcelo a sus amigos uno a uno. J.D. consigue que el Conserje se trague un GPS.

Carla se ve forzada a hacer el trabajo del Dr. Kelso diciendo a todo el mundo que no. El paciente de J.D. que necesita un trasplante se recupera mientras que su hermano, el donante, se pone peor. El Dr. Cox se ve forzado a ir a una cena de parejas con Elliot y Keith, con el resultado de que los otros interinos intentan hacerse sus amigos — para el disgusto de J.D. El mismo J.D. se mete en el tiempo de Turk, causando resentimiento de su mejor amigo.

J.D. se encuentra mintiendo constantemente para no herir los sentimientos de su hermano, que está de visita, Dan — Tom Cavanagh. Carla y Turk no pueden decidir un nombre de bebé. El Dr. Cox se ve forzado a trabajar con Ted después de que una conversación con Kelso vaya mal.

Narrado por el Conserje: J.D. empieza a grabar una postal en vídeo para su madre, pero se queda encerrado en una torre de agua por todo el día, gracias a El Conserje. Encontrándose con tiempo libre, El Conserje tropieza con un paciente cuadraplégico que no puede comunicarse. Elliot y Carla discuten el error de un interino. Turk está avergonzado por su negada paternidad, cuando el Dr. Cox lo acusa de tener la personalidad típica de un blanco.

J.D. se siente culpable después de que una paciente recurrente y molesta, Jill Tracy — Nicole Sullivan —, muera de sobredosis en su apartamento y él no hiciera nada ante los signos de alarma. Carla y Elliot convencen a Todd para que diga que es gay, pero contrariamente a lo que esperaban, no cambia su personalidad a mejor. El Dr. Cox inicialmente consola a J.D. pero lucha por seguir su propio consejo.

Sintiéndose culpable por la muerte de tres pacientes, el Dr. Cox llega al trabajo bebido y es forzado a darse de baja. El equipo organiza equipos para visitarlo en su casa y consolarlo con la esperanza de que vuelva, pero al principio, J.D. se niega a tomar parte de ello. Mientras tanto, Turk comienza una rotación ortopédica, pero lucha por conectar con su nueva y super sensible personalidad.

J.D. tiene la sensación de que después de cinco años trabajando en el hospital, los mismo eventos pasan una y otra vez en el Scred Heart. El Dr. Cox, vuelve al trabajo y parece que ha perdido algo de auto confianza, Elliot se toma personalmente que la vuelva a ganar. Turk enfada a Carla haciendo las cosas que no puede hacer mientras está embarazada.

J.D. empieza a enamorarse de la Dra. Kim Briggs — Elizabeth Banks —, una uróloga que se supone que siempre ha estado presente, pero era invisible para J.D., porque llevaba un anillo de bodas. Comparte un paciente con J.D., pero cuando Dr. Cox confiesa que está negándose a hacer una cirugía urgente para mantener sus estadísticas, empieza a tener sentimientos encontrados. Elliot considera romper con Keith después de que rechazara a mantenerse él mismo, pero Carla, por sus hormonas del embarazo, intenta arrglar su relación. Mientras tanto, el Dr. Kelso decide confiarle a El Conserje, dinero de un depósito en su casa, lo que finalmente lamenta.

El romance de J.D. y Kim sube un escalón cuando van a su primera cita, pero Elliot no les dejará mucho tiempo a solas, ya que está volviéndose una buena amiga de Kim también. El Dr. Cox y Jordan celebran que Jack no use pañales tirando las cosas de bebé en la ducha del bebé de Carla, pero se enteran de que Jordan está de nuevo embarazada. Más tarde, cuando J.D. va a hablar con Kim, le revela que lo está.

J.D. intenta evitar enfrentarse con Kim —Elizabeth Banks— para hablar de su embarazo. El Dr. Cox intenta lidiar con sus problemas de ira, tanto en casa como en el trabajo. Elliot está teniendo problemas por ser la única del grupo que no espera ningún hijo. El Conserje se pregunta cuall es el sentido de su vida.

Carla va a trabajar, pero Turk se ve ensombrecido or Elliot en su intento de apoyar a carla. J.D. y Kim discuten sus opiniones por su hijo, por si Kim debe o no abortar. Jordan se enfada con el Dr. Cox por tratar a su hijo jack como si fuerra un «colega para beber».

J.D. intenta encontrar cuanto de compatibles son él y Kim. Turk le da consejo médico cobrando para que asó Carla pueda quedarse en la maternidad y Elliot es torturada por el Dr. Cox mientras considera ir a la medicina privada. El Conserje lidera una huelga en el Sacred Heart del personal de apoyo, demandando seguro dental al Dr. Kelso.

El Dr. Cox se siente como el Dr. House cuando tiene que resolver varios misterios. Uno de ellos es que Elliot está enfadada con el Dr. Kelso, pero por alguna razón se desahoga con Turk. Carla está mostrando signos de la depresión posparto, mientras J.D. intenta ser un mejor novio para Kim y al mismo tiempo resolver el problema de un fallo de cardíaco de un paciente que aparentemente está sano, y Turk y el dr. Cox encuentra otro misterio ciando el marido de un paciente está «tan naranja como un balón de la NBA».

Elliot está disfrutando la práctica de la medicina privada, causando que J.D. y el Dr. Cox se pongan algo celosos. Los síntomas de la depresión posparto de Carla se ponen peor. El Dr. Cox y el Conserje intentan coexistir en la nueva habitación de lujo del hospital.

La llegada de un paciente que oye música todo el tiempo hace que el Sacred Heart se convierta en un musical de Broadway. Elliot intenta decirle a J.D. que ya no lo quiere como compañero de habitación, mientras Carla intenta decidir si debería volver a o no a trabajar.

Narrado desde el punto de vista del Dr. Kelso. El Dr. Kelso se hace amigo de un soldado llamado Brian Dancer (Michael Weston)que está siendo tratado en el Sacred Heart, las historias que trae de Iraq le recuerdan a Kelso lo que es ser un buen líder. Mientras tanto, la presencia del soldado en el hospital causa un debate político, dividiendo al personal, y mientras todos están peleando el bienestar del paciente es olvidado. Además, J.D. está en la búsqueda de un nuevo apartamento y se siente fuera de lugar cuando la política se convierte en el tema del día del Sacred Heart.

Turk convence a J.D. de que necesita ir a Racoma para la primera ecografía de Kim en lo que resulta ser un viaje en coche no planeado para el equipo del Sacred Heart. Después de pedir el nuevo RV del Dr. Kelso, Rowdy, Ellior, Carla, Keith, Ted y el Conserje se unen al padre en su viaje. Mientras tanto, el Dr. Cox y Jordan se encuentran algo preocupados cuando se enteran de que su hijo, aún no nacido, necesitará cirugía.

Cuando J.D. desarrolla un síncope vasovagal, una condición que se manifiesta por desmayos, se encuentra que no solo tiene que lidiar con las pérdida de su novia y su apartamento, sino que también pierde su consciencia. Elliot y Turk Elliot y Turk debaten sobre a quién le toca cuidar de la siempre desafortunada asistencia, mientras Carla intenta con una nueva excusa: «Tengo un hijo.» Además, el Conserje se embarca en un crucero de vacaciones. También, Miloš, un cirujano establecido en su país devastado por la guerra llega al Sacred Heart y enfada a Turk al enseñar mejor experiencia en cirugía que él. Además, Elliot invita a Keith a que se mude con ella, pero no está preparado para comprometerse con las reglas de su casa. Durante la mudanza, Carla les da consejos a cada uno de los doctores para que superen su miedos, ignorancia y cabezonería.

J.D. se siente atraído por una sexy y nueva médico terapeuta pero devido a sus desafortunadas circunstancias, se siente incapaz de pedirle salir. Mientras tanto, Turk se rompe el brazo y el Dr. Kelso le envía con los residentes donde, con la ayuda del Dr. Cox, se da cuenta de que sabe menos medicina de la que pensaba.

Mientras que ayuda a un paciente a recuperar su memoria, el personal del Sacred Heart despierta alguna de las suyas. J.D., Elliot, Turk, Carla, Dr. Cox, Dr. Kelso y el Conserje rememoran algunas de los recuerdos de las seis años de uniforme.

Al soldado Brian Dancer le dan el alta del hospital, pero cuando los militares le informan de que sus heridas son demasiado severas como para volver al servicio se envuelve en una espiral de depresión. Elliot, J.D. y Turk empiezan a visitarlo para que se anime. Mientras tanto, el Dr. Cox informa a Carla que sus chistes no son graciosos.

J.D. y Turk intentan vencer al sistema para tratar a un paciente sin seguro sin el consentimiento del Dr. Kelso. Mientras tanto, el Conserje chantajea a Carla con el caso de la identidad errónea de un perro. Mientras tanto, el Dr. Cox intentan convencer a Elliot de que un paciente ex drogadicto no es tal cosa. Durante todo el tiempo, el personal del hospital está condenado a vestir un uniforme marrón porque el Dr. Kelso sospecha de que alguien está robando pijamas.

J.D. y turk intentan olvidar que la nueva niñera de Turk fuma, pero cuando la pareja tiene una proyección pública de las imágenes de la cámara de la niñera Carla pronto se de cuenta. Mientras tanto, la enfermera Laverne Roberts y el Dr. Cox debaten sobre si «todo pasa por alguna razón», pero cuando una tragedia le ocurre a un empleado del Sacre Heart se hace difícil continuar con la discusión.

La enfermera Laverne Roberts está en coma, y nadie sabe cuando despertará. Elliot llega de visita y recuerda las veces cuando estuvo deprimida y la enfermera la animó. Carla llega y le dice a Elliot que no le diga adiós porque la gente se ha recuperado de cosas peores. Jordan está dando a luz y solo le da al Dr. Cox la noticia dos horas antes; inmediatamente empieza a asustarse. Carla no aceptará que la enfermera Laverne Roberts va a morir. El fantasma de la enfermera Roberts sigue a carla alrededor del hospital hasta que Carla le dice finalmente adiós.

J.D. trata a un paciente sordo y aprende que el Conserje sabe lenguaje de signos. Se sorprenden cuando el padre, también sordo, se niega a ponerle a su hijo un implante quirúrgico que permitiría oír a su hijo. Después de decir adiós a la enfermera Laverne Roberts, el equipo del Sacred Heart pone en práctica alguo de los consejos de la enfermera en su vida. Aunque Carla piensa que se han olvidado de ella, el Dr. Cox se toma tiempo para reflexionar en su prosósito en la vida, Elliot abre su corazón a Keith, y J.D. y Turk aprenden compasión.

En un peculiar giro, J.D. . Ted se debate entre fantasear con una cabeza llena de pelo y una realidad donde está ayudando a las enfermeras a tener una subida de sueldo; Todd conoce a su futuro hijo y ayuda a Turk a preservar su reputación y Jordan aparta su deseo de causar problemas para ayudar a Elliot y Keith en su relación.

La alocada hermana de fraternidad de Elliot, Melody —Keri Russell— llega a la ciudad. No siendo capaz de afrontar ser un suplente, J.D. enfrenta a una contra la otra para volver a ser el preferido de Elliot y pueda «vencer» a Melody. Mientras tanto, Turk y el Dr. Cox se enfrentan el uno al otro cuando intentan decidir si la cirugía de un paciente es o no necesaria. Mientras tanto, Carla descubre un fantasma poco común que persigue pediatras en un intento de keep it clean.

Cuando el anillo de boda de Elliot no le encaja, Keith acepta hacerlo de nuevo planenado su propio compromiso. Carla, Joradn y la hermana de fraternidad Melody se unen para ayudar a planear la «sorpresa». Mientras tanto, los hombres del Sacred Heart sufren demasiada conversación y no demasiada acción: J.D. sigue intentando to take it past "macking" with Melody, pero ella le sigue dando golpes bajos, Turk y Carla no han intimado desde que nació su bebé, y el internet de Dr. Kelso está en horas bajas, resultando en muchas duchas frías. Con el comprosmiso de Elliot, sus colegas fantasean el estar casados con ella, cada uno con su toque personal.

Mientras Elliot empieza a planear su boda con Keith, J.D. continúa preguntándose sobre sus verdaderos sentimientos. En un intento de aliviar la mente de su mejor amigo Turk le lleva a una convención de cirugía en Phoenix, pero el plan fracasa cuando J.D. visia a su ex novia Kim y descubre que le mintió y está aún embarazada de él. Mientras tanto, Kelso y sus amigos se lo pasan bien en la convención mientras que sin su consentimiento, el Conserje toma el papel de jefe de medicina en el Sacred Heart.

J.D. aprende que el bebé de Kim es un niño, pero está inseguro sobre si confía lo suficientemente en ella como para empezara de nuevo una vida juntos. Pero entonces Turk y Cox le enseñan a J.D. una lección sobre la paternidad. Mientras tanto, Carla debe planear la fiesta de despedida de soltera de Elliot, pero Elliot la controla continuamente.

J.D. y Kim se mudan mientras Elliot y Keith continúan con sus planes de bodam pero mientras toman grandes pasos en sus vidas, J.D. y Elliot comienza a asustarse y preguntarse si realmente su sitio es con sus correspondientes parejas. El Conserje y su nueva comisión de sabios intentan hacer a Keith un mejor marido. Mientras tanto, el Dr. Cox continúa enfadado con el hecho de que J.D. sea el padrino de su hijo.

Después de los acontecimientos en la habitación de guardias, J.D. y Elliot continúan cuestionándose sus respectivos compromisos con Kim —Elizabeth Banks— y —Keith —Travis Schuldt. Carla le dice a Turk que debido a su diabetes, solo puede comer un dulce cada seis meses. El Dr. Cox lucha por diagnosticar a un paciente. Mientras tanto, el Conserje parece tener una nueva novia.

La novia embarazada de J.D., Kim —Elisabeth Banks—, va al trabajo mientras se empieza a preguntar su fuerza como pareja y como padres potenciales. Mientras tanto, el resto del Sacred Heart también tiene problemas parentales, con Cox preguntándose cuando ponerle a su hijo una inyección, Turk y Carla intentando acabar un videojuego para poder centrarse en Izzy, y Kelso ayudando a su hijo Harrison a pasar por una ruptura. El Dr. Cox trabaja con un nuevo grupo de interinos.

Cuando el Conserje ve una molesta verdad, decide convertirse en el Oficial de Medio ambiente del Sacred Heart —con un particular método motivacional. J.D. tiene que tratar con una molesta verdad cuando Dan vuelve a la ciudad y le dice que tiene que crecer.

El Conserje se entera de que J.D. usa motes para la gente en el hospital de los que no sabe el nombre, y le reta a aprenderse el nombre real de todos en el hospital, o hacerse pasar por el Conserje durante un día. También, la familia del Dr. Cox está lejos, y se da cuenta de que está solo si ellos. Carla teme que está perdiendo su herencia latina.

J.D. intenta dejar de actuar como un niño mientras que Turk intentan traerlo de vuelta. El Dr. Cox tiene un paciente de 11 años, Josh, con leucemia, y tiene que tratar con los padres del niño que no quieren decírselo niño. El día del cumpleaños del Dr. Kelso, Elliot le hace una fiesta y averigua que tiene 65 años. Los miembros de la comisión del hospital se enteran y le fuerzan a retirarse. Pide que se mantenga en secreto hasta que se encuentre un sustituto.

El Dr. Kelso apunta al hospital en RateYourDoc.org, un sitio web donde los pacientes pueden evaluar online el nivel de cuidados de su doctor. Turk y el Dr. Cox intentan por todos los medios eliminar a J.D. del puesto número uno. Elliot tiene que tomar una decisión cuando se entera de que uno de sus paciente intencionadamente ha tomado una sobredosis de un medicamento. Mientras tanto, Carla no puede entender lo que la nueva novia del Conserje ve en él.

Es el aniversario de la primera cita de Carla y Turk y ambos buscan para el otro el regalo perfecto. Mientras Turk está emocionado ya que su regalo es aprender español, pronto se da cuenta de que ser bilingüe solo puede servirle de ventaja y no está seguro de desvelar la verdad. J.D. está triste acerca de dejar a un herido por quemaduras tener su graduación y acude a Elliot para que le dé consejo. En otro lado, el Dr. Cox decide robar la comida del Dr. Kelso.

J.D: y Turk intentan probar su masculinidad. Carla no deja de preguntar a Elliot sobre el secreto, la edad y retirada del Dr. Kelso. El Conserje empieza a publicar un periódico del hospital llamado «La Gaceta del Conserje» mientras que el secreto vergonzoso de Turk es revelado.

El Dr. Cox se enfrenta a muchas dificultades al diagnosticar a un paciente a lo que J.D. y Turk intentan encontrar qué enfermedad tiene. Elliot y Carla intentan convencer a la comisión del hospital para que no obliguen a retirarse a Kelso. Aunque es Kelso, después de rememorar sus más importantes momentos en el hospital junto a otro médico en un banco sentados delante del hospital quien toma la última decisión.

El Dr. Cox ama su nuevo puesto de Director Médico. Mientras tanto, el Conserje anima a Ted a ser más asertivo frente al Dr. Cox, pero pronto encuentra que su autoridad está siendo desafiada. Turk quiere ponerse un implante después de que le quitaran un testículo. Carla se acerca a él con la idea de tener otro bebé, y Elliot le dice a J.D. que puede ser bromista como Turk mientras buscan a un antiguo paciente

El Dr. Cox narra a su hijo un día de trabajo en el hospital como si de un cuento de hadas se tratase. J.D. tiene el papel de tonto del pueblo, Elliot es la princesa, Turk y Carla son un brujo de dos cabezas, y el Dr. Kelso —todavía lleva el hospital ya que el episodio estaba previsto para ser emitido antes de My Dumb Luck— un demonio.

El hermoso pero poco ético reemplazo del Dr. Kelso, la Dr. Maddox, sacude las cosas en Sacred Heart, mientras que J.D se esfuerza por manejar una nueva cosecha de incompetentes internos y Carla ayuda a Elliott a controlar su ego.

J.D. y Turk hacen un gran sacrificio por la tradición de una noche de bistec de una década por un paciente moribundo. Mientras tanto, la Dr. Maddox, la nuevo Jefe de Medicina, comienza a mostrar sus verdaderos colores.

El Dr. Kelso y el Dr. Cox tienen que volver a trabajar juntos para deshacerse de la Dr. Maddox, mientras que Carla se enfrenta a un interno incompetente.

La relación de J.D. y Elliot parece haberse reavivado cuando alientan al Dr. Kelso a encontrar su verdadero lugar feliz.

Con una aparición especial de los "Muppets", J.D. aprende una lección sobre el don de la compasión, mientras que Elliot es estafada por la interna Katie para asegurarse un lugar en el equipo de Turk.

Elliot y J.D.encuentran un obstáculo en su nueva relación romántica, y el Dr. Cox considera tomar el puesto de Jefe de Medicina ahora vacante.

A medida que su creciente carga de trabajo por ser Jefe de Medicina comienza a pasar factura, lo inimaginable ocurre cuando el Dr. Cox se acerca al Dr. Kelso para entablar amistad.

Es el día de suerte de Ted cuando se enamora perdidamente de una interprete de ukelele, y el Dr. Cox se da cuenta de que no puede manejar todo lo que se le arroja.

J.D. se las arregla para molestar al Dr. Cox a pesar de estar de vacaciones del hospital. Mientras tanto, Turk y Carla tienen una gran noticia que anunciar.

JD y Turk reúnen una nueva cosecha de los internos, ya que organizan su anual (e históricamente sin gracia) espectáculo.

Mientras Turk ve una historia inspiradora en SportsCenter, se le ocurre un nuevo procedimiento que puede ayudar a un adolescente paralítico. Mientras tanto, el Dr. Cox y el conserje sufren problemas románticos.

El ego de J.D.se infla hasta que el Dr. Cox finalmente le da el reconocimiento que estaba esperando. En otros lugares, el personal superior recibe información de los pasantes.

Una combinación de luna llena y algo de mala suerte hace que la nueva generación de internos de Sacred Heart reciba su carga de casos más difícil hasta el momento, mientras que Elliot toma una decisión importante con respecto a su futuro como médico.

El Conserje y su dama invitan al personal del Sagrado Corazón a su boda falsa en las Bahamas con la esperanza de obtener un botín, pero su plan está a punto de fracasar ...

La boda tropical junto al mar continúa mientras el Conserje y su dama se casan, lo que afirma la relación de otra pareja.

Las cosas se ponen raras para J.D.cuando descubre la identidad del nuevo hombre de Kim mientras planea acercarse a ella para acercarse a Sam. Mientras tanto, Turk comienza una campaña para una promoción.

El cambio no es fácil para la pandilla cuando J.D. considera acercarse a su hijo. Mientras tanto, Turk se siente cómodo como jefe de cirugía, mientras que Ted y Gooch alcanzan un nuevo nivel en su relación.

J.D. continúa su último día en el Sagrado Corazón e intenta mantener la esperanza de una gran despedida.