Luego de sobrevivir a un terrible accidente automovilístico, el Agente Especial Ethan Burke se encuentra en la encantadora ciudad rural Wayward Pines, donde pronto descubrirá que algo no está bien.

Ethan intenta entender por qué el sheriff Pope no quiere que se vaya del pueblo. Por otro lado, frustrada por la falta de información y de respuestas sobre el paradero de Ethan, Theresa decide ir a buscarlo.

Sacudido por los acontecimientos recientes en el pueblo, Ethan no lo puede creer cuando ve que Theresa y Ben llegan a Wayward Pines.

Ethan se resiste a su nueva función en el pueblo y sigue buscando un modo de salir, sobre todo ahora que su familia llegó y necesita mantenerlos a salvo.

Ethan se abre camino a través del bosque y traspasa la línea de la cerca, donde descubre algunas verdades sobre el pueblo.

Ethan es llevado a un lugar secreto en el pueblo, donde se entera del resto de la verdad acerca de Wayward Pines. Mientras tanto, Theresa investiga por cuenta propia.

Agobiado por la verdad, Ethan decide confiarle a Theresa todo lo que sabe. Por otro lado, un grupo de insurgentes se convierten en una amenaza para la supervivencia del pueblo.

Ethan investiga al grupo insurgente que provocó el caos en Wayward Pines. Por otro lado, convocan una reunión para distraer y reunir a la gente del pueblo.

La reacción de Ethan frente a los insurgentes da como resultado una polarización en el pueblo, en especial de parte de su hijo y los otros jóvenes. Pilcher toma el asunto en sus manos, lo que pone en peligro la ciudad y a todos sus habitantes.

Pam se enfrenta a Pilcher, mientras Megan cambia de parecer y ayuda a Ethan a conducir a la gente del pueblo hacia la seguridad y la verdad.

En el comienzo de la segunda temporada, un nuevo integrante de Wayward Pines despierta en medio de una rebelión, mientras los residentes luchan por preservar la raza humana, en peligro de extinción.

Theo intenta darle sentido a su nueva vida en Wayward Pines. Por eso usa a favor el hecho de ser el único cirujano en la ciudad para conseguir respuestas a preguntas sobre el estado de su esposa, o la verdad sobre ese lugar.

En una serie de flashbacks, veremos cómo y por qué Jason Higgins nació para ser líder de la primera generación de Wayward Pines. Mientras, la enfermera Pam se convierte en una amenaza letal para la ciudad, y Theo sigue con su investigación.

Xander regresa acompañado a Wayward Pines. Mientras tanto, Rebecca ayuda a Lucy, una joven que intenta escapar de una tradición del pueblo. Y CJ lidera a un valiente grupo en una misión más allá de la cerca.

La creación de Wayward Pines es revelada; Megan experimenta con la primea mujer; Abby y Frank luchan con sus problemas personales.

Los Abbies atacan a CJ y a los segadores, dejando a Teresa en grave peligro y a la ciudad con niveles alarmantes de suministros. Entonces, Theo construye una unidad de evaluación improvisada, pero puede que no sea capaz de arreglar su matrimonio con Rebecca. Además, Xander todavía tiene asuntos pendientes que le conciernen cuando Jason cuestiona sus capacidades para liderar.

Theo y Megan están en desacuerdo sobre la inteligencia de los Abbies, y el doctor intenta comunicarse con su líder. Entonces, una subestimación tendrá consecuencias fatales. Mientras, CJ refleja sobre su vida y la gran responsabilidad que ha tenido a través de los siglos.

Theo se junta con Hassler para buscar a la líder de los Abbies que escapó; Xander confronta a Rebecca sobre su condición y Jason se entera de unas noticias devastadoras sobre Kerry.

Pilcher busca en su memoria para encontrar a su elegido. Por otro lado, Theo y Xander deben dejar de lado sus diferencias para evitar el final de la especie humana, después de que Jason toma una decisión fatal.

Mientras los Abbie marchan sobre la ciudad, Theo se ve obligado a tomar una decisión que podría sellar el destino de la humanidad.