Una por una, las personas que conoció en Guriel y sus asistentes son tragadas por el tornado, dejando a Alisha sola. Mientras deambula, se encuentra con una antigua ruina y encuentra un mural que representa al "Pastor", que salvará al mundo de la calamidad. Pero es atacada por un enorme enjambre de insectos. Alisha apenas se escapa viva y, como guiada por la cresta del Pastor, llega a la capital celestial. Alrededor de esa época, Sorey, un joven humano que reside en Elysium, Hogar de los Serafines, y Mikleo, un joven Serafín, también han venido a las ruinas.

Sorey decide llevar a Alisha, la joven que encuentra en las ruinas, a Izuchi. A Mikleo no le importa la idea de tomar un humano, pero Sorey simplemente no puede ignorar a alguien que lo necesita. Cuando llegan a Izuchi, Alisha llama apasionadamente a los serafines para que la ayuden. Pero sus súplicas parecen no escucharse. Es porque los serafines creen que los humanos traerán calamidad a su tierra. Aunque había creído en los serafines, una triste Alisha concluye que el Registro Celestial era una leyenda y nada más.

Después de que Alisha se va, Sorey teme que el misterioso hombre que apareció en Elysium la persiga. Entonces Sorey, acompañado por Mikleo, se dirige a Ladylake, la capital del agua donde se celebra el Festival de la Hoja Sagrada que Alisha mencionó. Al llegar a la capital y ver el mundo humano por primera vez, Sorey no puede ocultar su asombro ante la gente y el paisaje. Gracias a una joven llamada Rose que viene a su rescate, puede ingresar a la ciudad. Pero la capital está repleta de malevolencia que hace que Mikeo se debilite físicamente. Durante ese tiempo, Sorey ve al hombre que estaba detrás de Alisha.

Para salvar a la gente del demonio que aparece en Ladylake, Sorey extrae la Espada Sagrada de la Dama del Lago que lo convertiría en un Pastor. Él derriba al demonio, pero el mismo Sorey se derrumba y recupera la conciencia más tarde. Con el legendario atuendo de pastor que le dio Alisha, Sorey se va a la ciudad. Las calles están llenas de pancartas con la cresta del Pastor y él se da cuenta de la esperanza que la gente deposita en el Pastor. Más tarde, Sorey se convierte en la nave de la Dama del Lago y adquiere la capacidad de percibir Malevolencia. Y sintiendo Malevolencia, busca su fuente en el acueducto.

Velvet: una mujer que está en prisión. Devorando monstruos llamados "demonios", ella ha vivido en confinamiento durante varios años. Velvet tiene un solo propósito en la vida. Para vengarse del hombre que dirige la Abadía, una organización de exorcistas que poseen el poder de luchar contra los demonios. Para derribar al hombre que llaman su salvador, Artorius Collbrande. Un día, el ex compañero de Artorius, un Malak conocido como Seres, aparece ante Velvet para intentar ayudarla a escapar.

Velvet escapa de la torre de la prisión con la ayuda de un joven demonio llamado Rokurou. La única forma de acceder a la prisión de la isla es en barco, por lo que ella y Seres se dirigen al puerto. Pero Oscar, el exorcista pretorista a quien Artorius le ordenó someter a Velvet, ya está allí. Velvet lo toma. Oscar cree en la ley natural del mundo que Artorius defiende. Pero Velvet no puede perdonar un mundo que fue posible gracias al sacrificio de su hermano menor, Laphicet. Completamente en desacuerdo entre sí, la lucha continúa ... cuando de repente, aparece un dragón.

Sorey escucha a Lailah explicar la verdadera misión del Pastor cuando aparece un dragón. Se va sin atacar a Sorey, pero la gente del pueblo que ve esto se siente agradecida, e incluso el propio Barltow invita a Sorey a su mansión. En el camino hacia allí, Sorey ve miasma de la Malevolencia surgiendo entre la gente. Decide perseguir al dragón para detener la Malevolencia antes de que pueda extenderse en Ladylake. Mientras tanto, Mikleo comienza a reflexionar sobre lo que debe hacer para inspirar a Sorey, que ahora es un Pastor.

Mikleo va a las ruinas de Galahad en busca del legendario artefacto divino que puede suprimir los espíritus malignos. Mientras tanto, después de separarse de Alisha que se dirige a Marlind, Sorey va a Rayfalke Spiritcrest, que aparece en el folklore del dragón. Allí, se encuentra con un joven serafín llamado Edna siendo atacado por un demonio. Sorey y Lailah se enfrentan al demonio, pero la Malevolencia es demasiado fuerte y no pueden dar un golpe decisivo. De repente, aparece otro serafín llamado Zaveid y hace un trabajo rápido del demonio, declarando que matar demonios es su estilo. Cuando Sorey se opone, el serafín contrarresta crípticamente con "Quizás algunos se salven al matarlos".

El grupo de Alisha y la unidad médica encuentran que el puente que conduce a Marlind se derrumbó debido a las fuertes lluvias, y comienzan a buscar un desvío. Mientras tanto, Sorey continúa su viaje y le revela a Edna el serafín que irá a Rolance, que se rumorea que tiene muchas ruinas antiguas donde los dragones fueron deificados como dioses. La fe sincera de Sorey en los escritos de los Registros Celestiales exaspera a Edna, pero ella opta por seguirla. Más tarde, Lailah le pregunta a Sorey: "¿Qué significa 'purificar' para ti?" Esto hace que Sorey reflexione sobre cómo debe enfrentar futuros demonios. Por esa época, Mikleo, armado con un artefacto divino, se dirige al puente Griftlet, donde una vorágine de nubes se arremolina sobre su cabeza.

Sorey persigue al escurridizo Drake a Marlind y se reúne con Mikleo, quien ha adquirido un artefacto divino en forma de arco. Al entrar en un pacto de Sub Lord, se arman y purifican con éxito al Drake con una flecha. Más tarde, van a ayudar con la reconstrucción y se dedican a purificar el agua de la ciudad. Sorey acompaña a Alisha para dispersar los suministros de emergencia que han llegado de Ladylake y se encuentra con Rose, el comerciante de Plumas de Gorrión que lo ayudó cuando llegó por primera vez a Ladylake. Su grupo también ha traído suministros de Ladylake.

Sorey y los demás dejan a Rohan el serafín y Atakk el serafín Normin para vigilar a Marlind, y se dirigen a Glaivend Basin en la frontera de Hyland y Rolance, donde Bartlow está intentando incitar una guerra. Sorey advierte a Alisha que si la guerra ha comenzado, no se pondrá del lado de Hyland ni de Rolance. Pero como Pastor, quiere detener la lucha. Sorey y compañía llegan a Glaivend, solo para encontrar un campo de batalla lleno de malevolencia. Alisha se propone convencer al general Landon de Hyland para que detenga la lucha, pero Sorey le dice: "Voy a hacer lo que pueda".

La guerra estalla inevitablemente entre el Reino de Hyland y el Imperio Rolance. Justo en lo que Bartlow había planeado, Alisha es apuñalada por un soldado de su propio reino. Mientras tanto, una inmensa masa de malevolencia aparece ante Sorey y compañía en el campo de batalla principal. No es otro que Heldalf, el Señor de la Calamidad. Sorey ve al verdadero Heldalf en el centro de la Malevolencia y declara que lo "purificará". A pesar de que innumerables demonios convocados por Heldalf lo atacan, Sorey tiene fe en su poder y en el poder de sus amigos, y continúa luchando.

Acompañados por Rose y los Gorriones, Sorey y sus amigos se dirigen a una nueva tierra, Rolance. En el camino, algunos pícaros intentan vender hierbas robadas por Rose. Cuando ve a través de ellos, la amenazan, pero Rose los golpea fácilmente. Sorey está impresionada con su perspicacia para los negocios. Por la noche, continúa entrenando con Lailah, aprendiendo a reconocer y detener la Malevolencia; perfeccionando sus habilidades para enfrentar la poderosa masa de Malevolencia conocida como "El Señor de la Calamidad". La fiesta llega a la ciudad comercial de Lastonbell y conoce a Mayvin, el narrador.

En Lastonbell, el gremio de asesinatos conocido como los "huesos dispersos" liderado por Rose mata al obispo que ha estado engordando sus bolsillos y silenciando a cualquiera que pueda hablar. A pesar de sentirse incómoda con la actitud de Rose, Sorey se une a ella para el desayuno. Sergei, el general de los guardias imperiales Rolance, los Caballeros Platino, aparece. La noche anterior, había venido a buscar a Sorey, solo para terminar intoxicado, y ha venido a disculparse por su comportamiento impropio. En ese momento, se produce una explosión cerca del santuario de la ciudad, que hace que el suelo se derrumbe. Sorey y compañía se apresuran a verificar. Después de confirmar que la Malevolencia causó el colapso, ingresan al santuario para realizar una purificación.

Rose se enfurece al enterarse de que su compañero comercial Guren fue capturado por los hombres del obispo y ya no está vivo. Para calmar su ira, Dezel the Seraph se propone destruir el santuario de la iglesia en Lastonbell. Mientras Lailah y los demás van a detenerlo, Sorey se une a Rose. Aunque no puede ver a Dezel, se da cuenta de que Dezel está causando el fenómeno que ocurre cerca del santuario, y lo insta a detenerse. Sorey le pregunta a Dezel: "¿Por qué intentaste destruir el santuario?" Y Dezel cuenta su pasado y cómo conoció a Rose.

Hace mucho tiempo, sus camaradas en Windriders y su padre adoptivo Brad habían sido conducidos a la muerte por el príncipe imperial, Konan. Rose recibe noticias del paradero del Príncipe Konan y comienza a prepararse para un viaje de venganza. Sergei le informa a Sorey de la lluvia incesante y decide ir a Pendrago, la capital de Rolance, para investigar la causa. Preocupado por Dezel, Sorey le pide a Rose que lo acompañe en el viaje, pero es rechazado rotundamente. Mientras se dirige a Pendrago, le pide a Mikleo que siga a Rose y a Dezel, que está con ella. Mikleo está de acuerdo, y él y Edna se dispusieron a verificar cómo va el viaje de Rose.

Rose finalmente encuentra al Príncipe Konan, el objetivo de su venganza, pero él ya se ha convertido en un demonio. Sus ataques contra él son inútiles y él responde con un poder que está más allá de lo humano. Cuando Dezel acude en su ayuda, la torre dentro de la cual están luchando se derrumba repentinamente. Sorey los rescata, pero Rose está angustiada porque Konan no se ve por ningún lado y que ella no "lo terminó por completo". Sorey le dice a Rose que desaprueba que ella sea una asesina, a lo que ella responde: "Hay hombres en este mundo que deben ser asesinados". Y Sorey continúa explicando sobre "Malevolencia".

Escoltados por los Caballeros Platino, Sorey y sus amigos llegan a la residencia de Doran, gobernante del Imperio Rolance. Doran le cuenta a Sorey que la leyenda pasó a través de la familia imperial, sobre la Malevolencia en el mundo y el "comienzo de las calamidades". Además, le da a Sorey la inquietante noticia de que Alisha de Hyland parece haber sido arrestada en su casa. Sorey se sorprende, pero decide que la Malevolencia debe detenerse lo antes posible y se dirige a Pendrago. Mientras tanto, Rose, que ha aprendido de Sorey que la Malevolencia es la causa de los desastres en el mundo, le pregunta a Dezel una forma de ver esta Malevolencia. Luego va a Sorey con una cierta propuesta de negociación.

Con Rose, que celebra un contrato de Escudero con él, Sorey va a Pendrago y purifica al dragón muerto que ha continuado infestando Malevolencia. Luego, la voz de Alisha lo alcanza desde Ladylake, pidiéndole ayuda para lidiar con los tornados que han aparecido. Ella pierde la conexión con él, pero Alisha se dirige a Sitole, que se encuentra en el camino del tornado, con la intención de rescatar a la gente. Alisha y sus caballeros llegan sanos y salvos, pero incluso aquí, un demonio ataca. Justo cuando está a punto de ser tragada por este demonio como el barro, llega el serafín Zaveid.

Al enterarse de que Maltran su maestro ha sido encarcelado por Bartlow y está siendo crucificado, Alisha y sus subordinados se escabullen en Ladylake. Jurando que "nadie debe morir", corre a toda velocidad por la ciudad sin desanimarse a pesar de que los hombres de Bartlow obstruyen su camino. Mientras tanto, Sorey y compañía persiguen al dragón que se dirige hacia Ladylake, pero el dragón aumenta la velocidad, haciendo imposible que Sorey lo alcance. Por ese tiempo, Lunarre viene a burlarse de Maltran, quien sonríe y responde: "Alisha no vendrá aquí".

Con la ayuda de sus amigos, Sorey purifica al dragón que reside dentro del tornado que se dirige a Ladylake. Alisha y Rose habían absorbido parte de la malevolencia de Sorey. Esto tiene su costo y hace que caigan en un sueño profundo, pero se despiertan sin efectos nocivos. Resuelven continuar ayudando a Sorey como sus escuderos. Mientras tanto, Dezel lucha contra Symonne, quien declara que su maestro, el Señor de la Calamidad, ya no puede ser detenido, y que el mundo terminará. Symonne le muestra a Sorey una ilusión del Señor de la Calamidad y, a pesar de sentir el impacto de su poder abrumador, decide ir a la tierra del norte para encontrar al Señor de la Calamidad.

Sorey y compañía se dirigen al norte para encontrar al Señor de la Calamidad. Alisha y Rose resuelven apoyar a Sorey como sus escuderos y continúan practicando la armadura con Edna y Dezel. Mientras tanto, Sorey lee el segundo Registro Celestial que le dio Lailah, y encuentra entradas sobre el norte. En la tierra del norte es la fuente de un poder de creación, y los pulsos de tierra conectan el mundo con ella. Sin embargo, esta tierra en el extremo norte no es efectiva para propagar Malevolencia. Sorey comienza a reflexionar sobre por qué el Señor de la Calamidad iría allí. Entonces, Malevolence desbordando desde el norte ataca a Sorey y los demás.

A pesar de ser frustrados por numerosos dragones y la malicia, Sorey y compañía siguen adelante y alcanzan al Señor de la Desgracia. Pero después de declarar que irá al centro del mundo, el Señor de la Desgracia desaparece. Sorey y los demás lo persiguen hacia el norte hasta la ciudad de Meirchio, donde se encuentran con Grimorio del Clan Normin. En la ciudad, Sorey reflexiona sobre el origen de la Malevolencia, así como sobre los serafines y el Señor de la Calamidad. Después de su breve respiro, Sorey junto con Alisha, Rose y los cinco serafines se despidieron de sus amigos que habían viajado con ellos, y se embarcaron en su batalla final.

Mientras persiguen al Señor de la Desgracia, Sorey y compañía se ven obstaculizados por un enorme ejército de dragones, pero Dezel da su vida para derrotar a los dragones y abrir un camino. Sorey avanza, determinado que el sacrificio de Dezel no habrá sido en vano. Al ver una enorme cantidad de malicia saliendo de una cueva, Sorey confirma la presencia del Señor de la Desgracia. Mientras tanto, en el fondo de la gran caverna, el Señor de la Desgracia se enfrenta a Maotelus, uno de los Cinco Señores.

Sorey se arma con Zaveid, Edna, Mikleo y Lailah, usando todos sus poderes en una forma de armatización definitiva en una batalla final contra Heldalf, que se había convertido en una bestia monstruosa. En una dura batalla, Sorey es capaz de derrotar a Heldalf, liberándolo de la forma monstruosa, pero sigue siendo el Señor de la Calamidad. La malicia usa el Heldalf golpeado como un recipiente hueco para usar. Sorey promete liberarlo de este destino y ataca nuevamente, sumergiéndolos a los dos en un río subterráneo.