Como agradecimiento por devolverle su nombre, un yokai le hace un regalo muy peculiar a Natsume. Sin embargo, ese presente parece haber atraído una presencia inesperada.

Natsume decide construir un nuevo cantero en el patio, pero cada noche algunas de sus piedras parecen desaparecer. Buscando resolver el misterio, acabará ocupandose de una pequeña y sagrada mansión.

Durante un paseo con el maestro Nyanko y compañía, Natsume ve a un grupo de espantapájaros dirigiéndose a algún lugar. Tras tener un sueño extraño, decide ir a investigar y acaba encontrándose con Natori, que anda por la zona para cumplir con un encargo en el que acabará involucrándose.

Kitamoto y Natsume se adentran en una tienda de libros antiguos y allí conocen a una misteriosa joven con cara de pocos amigos que les advierte de un peligro que acecha. Sin embargo, Kitamoto hace oídos sordos a su advertencia y Natsume y el maestro Nyanko tendrán que hacer frente a un nuevo desafío.

Chobi está decaído porque su peine favorito se ha roto y cree que nunca podrá tener uno igual de hermoso. Sin embargo, a Natsume no le gusta verlo tan deprimido y decide ir en busca de un material con el que hacer un nuevo peine que conmueva el corazón del yokai.

Un día de lluvia, Natsume y el maestro Nyanko acaban guareciéndose en una estación abandonada. Para su sorpresa, allí se encuentran con Matoba, quien parece ocultar una presencia peligrosa. Días después, volverán a encontrarse con él en la residencia Hakozaki, donde tendrán que enfrentarse juntos a una nueva amenaza.

Sin previo aviso, el hermano de Taki ha venido de visita, pero hay algo en su comportamiento que le preocupa. Ambos hermanos terminan pidiéndole ayuda a Natsume y acabarán descubriendo unos recuerdos que los unen.

Nishimura encuentra lo que parece ser el dedo de una muñeca y decide guardarlo, creyendo que es de Natsume. Desde entonces y para su sorpresa, Natsume comienza a visitarle cada noche con intenciones un tanto misteriosas. ¿Qué secreto habrá oculto tras el dedo de la muñeca?

En mitad de una excursión junto a Natori, Natsume acaba involucrado de forma inesperada en un extraño ritual en la casa de una familia relacionada con el clan Matoba.

Encerrados sin poder salir, Matoba y Natori buscan la forma de escapar de la trampa de los Miharu para llegar a tiempo al ritual de bienvenida. Sin embargo, el yokai que trata de sabotearlo no se lo pondrá fácil y Natsume tendrá que hacer cuanto esté en su mano para que la ceremonia no fracase.

Natsume y el maestro Nyanko se adentran en el bosque para devolver un nombre más. No obstante, la simple tarea los llevará en un nostálgico viaje al pasado, donde sabrán más de Reiko y conocerán el verdadero origen del «Libro de los Amigos».

Una pequeña muñeca de origami aparece en el jardín de los Fujiwara y Natsume tendrá que cuidar de ella hasta que vengan a buscarla. Durante esos días, Natsume y el maestro Nyanko tendrán los sueños más hermosos que jamás hayan visto.